辞退员工的经济补偿金是按照劳动者的应发工资来计算，而非实发工资。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据与规定

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
2. 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。

二、应发工资与实发工资的区别

1. 应发工资：是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是在任何税费和其他扣款之前的总额。它更全面地反映了劳动者在正常工作时间内的劳动价值。
2. 实发工资：是劳动者实际收到的工资，即应发工资扣除个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分以及其他可能的扣款（如迟到罚款等）后的净额。

三、为何采用应发工资计算

1. 全面反映收入状况：应发工资包含了所有货币性收入，能更全面、真实地反映劳动者的收入状况。
2. 保障劳动者权益：以应发工资为计算基数，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障，避免因扣除各项费用而导致补偿金额减少。
3. 法律规定：如前所述，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》明确规定了经济补偿的月工资应按照劳动者应得工资计算。

四、具体计算示例

假设员工小张每月基本工资5000元，加上奖金500元和各项补贴300元，那么他的应发工资为5800元。若当月扣除个人所得税100元、社保个人缴纳部分300元、住房公积金个人缴纳部分500元，其实发工资为4900元。在辞退计算经济补偿时，应以5800元（应发工资）为准，而非4900元（实发工资）。

五、特殊情况下的处理

1. 月平均工资低于最低工资标准：如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
2. 工作不满12个月：如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。

六、法律建议

1. 了解自身权益：劳动者在面临辞退时，应了解自己的经济补偿金计算方式，确保自己的权益不受侵害。
2. 保留相关证据：劳动者应保留好与用人单位签订的劳动合同、工资条、奖金发放记录等相关证据，以便在需要时维护自己的权益。
3. 及时咨询：如果劳动者对经济补偿金的计算方式有疑问或遇到争议，应及时向专业律师咨询，以便获得更准确的解答和帮助。

综上所述，辞退员工的经济补偿金是按照劳动者的应发工资来计算的，这一规定既符合法律法规，也能更全面地保障劳动者的权益。如果您在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。