结论：员工已经离职，公司一般仍能在一定条件下追溯员工在职时的违纪处罚，但具体能否追溯及追溯的效力需分情况讨论。
一、公司规章制度有明确规定且员工知晓
情况说明：如果公司的规章制度中明确规定了员工违纪行为的处罚措施，并且这些规章制度已经通过合法程序（如职工代表大会或全体职工讨论、与工会或职工代表平等协商确定等）制定，且员工在入职时或在职期间已经知晓并同意遵守这些规章制度，那么公司有权在员工离职后，根据这些规章制度对员工在职期间的违纪行为进行追溯处罚。
法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
二、公司规章制度无明确规定或员工不知晓
情况说明：如果公司的规章制度中没有明确规定员工违纪行为的处罚措施，或者这些规章制度没有通过合法程序制定，或者员工在入职时或在职期间并不知晓这些规章制度，那么公司可能无法在员工离职后对员工在职期间的违纪行为进行追溯处罚。因为在此情况下，公司对员工的处罚可能缺乏合法依据，员工有权拒绝接受。
风险提示：即使公司规章制度中有相关规定，但如果公司在处罚员工时未遵循法定程序（如未事先告知员工违纪事实、未给予员工申辩机会等），或者处罚措施明显不合理（如罚款金额过高、解除劳动合同理由不充分等），员工也可能有权拒绝接受处罚，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。
三、实际操作建议
完善规章制度：公司应确保规章制度的合法性和合理性，并通过合法程序制定和公示。同时，公司应定期对规章制度进行审查和更新，以适应法律法规的变化和公司发展的需要。
及时处理违纪行为：对于员工在职期间的违纪行为，公司应及时进行调查和处理，避免拖延至员工离职后再进行追溯处罚。因为拖延处理可能导致证据灭失、员工抵触情绪增加等问题，增加处理难度和风险。
保留相关证据：公司在处理员工违纪行为时，应保留相关证据（如违纪事实记录、员工申辩材料、处罚决定书等），以备在需要时进行证明和辩护。
咨询专业律师：如果公司在处理员工违纪行为时遇到法律难题或争议，建议及时咨询专业律师，以确保处理行为的合法性和有效性。
最后，如果公司或员工在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和解决方案。