在民间借贷纠纷起诉后，债务人还清借款的，可通过以下方式开具结清证明，具体流程和注意事项如下：

1. 结清证明的开具主体
   结清证明通常由债权人（出借人）出具，证明债务人已履行全部还款义务。若案件已进入诉讼程序，也可联系法院确认还款情况并出具相关证明（如调解书、判决书履行完毕的说明）。

2. 具体操作步骤

   • 与债权人协商：
     债务人还清借款后，应主动联系债权人，要求其出具书面结清证明。证明内容需包括：双方姓名、借款金额、还款时间、还款方式（如银行转账需附凭证）、债权债务关系终止等关键信息，并由债权人签字或盖章确认。
     
   • 法院协助（如涉及诉讼）：
     若案件已由法院处理，债务人可向法院提交还款凭证（如转账记录、收条等），申请法院出具《结案通知书》或《执行完毕证明》，作为债务清偿的官方依据。
     
   • 公证或见证（可选）：
     为增强证明效力，双方可共同到公证处对结清证明进行公证，或邀请第三方（如律师、居委会）见证签字过程。

3. 注意事项

   • 保留还款凭证：
     无论通过何种方式还款（现金、转账、第三方支付等），务必保留完整凭证（如银行流水、收据、聊天记录等），以备核对。
     
   • 结清证明的书面形式：
     口头确认无效，必须要求债权人出具书面证明，避免后续纠纷。
     
   • 及时办理：
     还款后尽快办理结清证明，防止债权人反悔或证据灭失。
     
   • 信用记录更新：
     若借款涉及征信系统（如银行贷款、网络借贷平台），可要求债权人协助向征信机构报送还款信息，更新个人信用记录。

4. 特殊情况处理

   • 债权人拒不出具证明：
     若债权人无正当理由拒绝配合，债务人可凭还款凭证向法院起诉，要求确认债权债务关系终止，并由法院出具生效法律文书作为结清依据。
     
   • 部分还款或分期还款：
     若还款是分期完成的，需在结清证明中明确“全部款项已结清”，避免歧义。

总结：开具结清证明的核心是留存书面证据，确保债权债务关系终止的合法性和明确性。若遇到复杂情况（如债权人失联、证据不足等），可进一步向我咨询具体解决方案。