签协议用圆珠笔在法律上是合法的，且通常是被接受的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
法律层面
书面形式的要求：
- 根据《民法典》的相关规定，当事人订立合同可以采用书面形式，这种书面形式包括合同书、信件等可以有形地表现所载内容的形式。法律并未对书写工具做出具体限制，因此，无论是圆珠笔、钢笔还是中性笔，只要能够清晰表达合同内容，均视为有效的书面形式。
合同有效性的核心要素：
- 合同的有效性主要取决于合同内容的合法性、双方的真实意愿（即自愿签订）以及签字人是否具备签字的权利（如法定代表人或授权代表）。这些要素是判断合同有效性的核心，与使用的书写工具无关。
实际操作层面
字迹保存与安全性：
- 尽管圆珠笔签署的合同在法律上有效，但圆珠笔字迹的稳定性相对较差，容易褪色或模糊，特别是在长时间保存或遇到不利条件时（如摩擦、受潮），可能会影响合同内容的清晰度和完整性。因此，为确保合同的长期可读性和安全性，建议使用钢笔或中性笔签署重要合同。
防范篡改风险：
- 圆珠笔的字迹相对容易被涂改，且涂改后可能难以留下明显痕迹，增加了合同被篡改的风险。为避免这一潜在风险，选择使用更难被涂改的书写工具是一个明智的选择。
特定场合或机构的要求：
- 某些机构或场合可能会出于习惯或内部规定，对签署文件的颜色或书写工具有所要求。因此，在签署协议之前，最好先确认对方是否有特定的要求或规定，以避免不必要的麻烦。
建议
- 选择书写工具：虽然圆珠笔在法律上是合法的签署工具，但考虑到字迹的保存安全性和防范篡改风险，建议使用钢笔或中性笔签署重要协议。
- 仔细阅读合同条款：在签署协议前，应仔细阅读合同条款，特别是关于签署方式的特别约定，以确保遵守所有特别约定。
- 保留证据：无论使用何种书写工具签署协议，都应妥善保管好协议原件，并考虑在必要时进行复印或扫描备份，以备不时之需。
综上所述，签协议用圆珠笔在法律上是合法的，但在实际操作中仍需注意字迹的保存安全性和防范篡改风险。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。