卖发票单位在立案调查期间不能把公司注销。以下是详细分析：
法律程序约束：一旦公司涉及立案调查，就意味着其可能存在违法行为，需要接受相关法律程序的审查和处理。在此期间，公司必须配合调查，提供必要的信息和资料。如果公司试图通过注销来逃避法律责任，将严重违反法律程序，不仅无法注销成功，还可能面临更严重的法律后果。
注销条件限制：公司注销需要满足一定的条件，包括清算债务、处理完所有法律事务等。在立案调查期间，公司的法律事务并未处理完毕，因此不符合注销的条件。即使公司尝试提交注销申请，相关部门也会因其涉及法律调查而暂停或拒绝注销。
法律责任追究：如果公司在立案调查期间注销，将可能导致法律责任无法追究。这不仅损害了受害者的权益，也破坏了法律的公正性和权威性。因此，法律不允许公司在立案调查期间通过注销来逃避法律责任。
综上所述，卖发票单位在立案调查期间不能把公司注销。如果公司确实存在违法行为，应该积极配合调查，承担相应的法律责任。如果公司面临经营困难或其他问题，可以通过合法途径寻求解决方案，而不是试图通过注销来逃避法律责任。