结论：公司登记事项在未经法定程序登记或变更登记的情况下，通常不能对抗善意第三人，但具体情形需结合相关法律规定和实际情况判断。以下是对该问题的详细分析：
一、公司登记事项的对抗效力基础
基本原则：
- 根据《公司法》的相关规定，公司登记事项（如股东信息、注册资本等）具有公示效力，是第三人了解公司基本情况的重要途径。
- 若公司登记事项发生变更但未办理相应登记手续，则新的事项在未经登记前，通常不能对抗基于原登记信息与公司进行交易的善意第三人。
法律依据：
- 《公司法》第三十二条第三款明确规定：“公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。”
二、具体情形下的对抗效力分析
股东信息变更：
- 若公司股东发生变更但未办理登记，新股东不能以其已实际取得股权为由，对抗基于原登记信息与公司交易的善意第三人。例如，若原股东在股权转让后仍以股东身份与公司外部债权人进行交易，而新股东未办理登记手续，则债权人仍有权向原股东主张权利。
名义股东与实际出资人的关系：
- 在名义股东与实际出资人之间，即使双方有内部约定，但若未经公司其他股东半数以上同意，实际出资人不能要求公司直接变更股东信息。此时，若名义股东擅自处分股权给善意第三人，且第三人符合善意取得条件的，实际出资人不能对抗第三人，只能向名义股东追责。
三、例外情况与限制
善意相对人的保护：
- 新《公司法》强调对善意相对人的保护，即使公司内部有相关规定或约定，也不得对抗善意相对人。这是为了维护交易安全，保护第三人的合理信赖。
特定登记事项的对抗力：
- 并非所有公司登记事项都具有对抗第三人的效力。例如，公司章程等内部文件在未经登记的情况下，通常不具有对抗第三人的效力。而股东信息等关键登记事项，则具有更强的公示和对抗效力。
四、实践中的应用与建议
及时办理登记手续：
- 公司应确保所有登记事项的真实性和准确性，并在发生变更时及时办理登记手续。这有助于增强公司信息的透明度，保护交易相对人的信赖利益。
加强内部管理：
- 公司应加强内部管理，规范股东行为，避免内部问题引发的外部法律风险。例如，通过制定完善的股东协议和公司章程，明确股东的权利和义务，减少股权纠纷的发生。
风险防控与权益保护：
- 实际出资人应与名义股东明确权利义务关系，并采取必要措施确保自身权益不受损害。在发现名义股东擅自处分股权时，应及时采取法律手段维权，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
总结与建议：公司登记事项在未经法定程序登记或变更登记的情况下，通常不能对抗善意第三人。因此，公司应重视登记手续的办理和内部管理，以降低法律风险。若您在公司登记或股权转让等方面遇到法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。