在破产程序中，抵押财产通常会被纳入变价方案，但具体处理方式需依据抵押权是否成立、抵押财产是否属于破产财产以及管理人的具体操作等因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：

一、抵押财产属于破产财产的情况

1. 抵押权成立且抵押财产属于破产财产：

   • 根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，破产申请受理时属于债务人的全部财产，以及破产申请受理后至破产程序终结前债务人取得的财产，为债务人财产（即破产财产）。这包括债务人已设定抵押的财产。
   • 在这种情况下，抵押财产虽然设有抵押权，但仍属于破产财产的一部分，管理人应当依法制定变价方案，对抵押财产进行变价处置。变价所得价款在优先清偿抵押权人后，剩余部分将纳入破产财产，用于清偿其他债权。

2. 抵押权未成立或抵押财产不属于破产财产：

   • 如果抵押权未依法成立，或者抵押财产因特定原因（如已通过合法方式转让给第三人）不再属于债务人财产，则该抵押财产不属于破产财产。
   • 在这种情况下，抵押财产不会被纳入破产程序的变价方案，而是由抵押权人或其他权利人依法行使权利。

二、管理人的具体操作

1. 管理人接管债务人财产：

   • 破产申请受理后，管理人将接管债务人的全部财产，包括设有抵押的财产。管理人有责任对抵押财产进行妥善保管和处分。

2. 制定变价方案：

   • 管理人应当根据债务人财产的实际情况，制定合理的变价方案。对于抵押财产，管理人需要评估其价值、市场状况等因素，确定最佳的变价方式和时机。
   • 变价方案需经债权人会议讨论通过，并报人民法院裁定认可。在变价过程中，管理人应确保抵押权人的优先受偿权得到实现。

3. 变价处置抵押财产：

   • 一旦变价方案获得认可，管理人将按照方案对抵押财产进行变价处置。变价所得价款将优先用于清偿抵押权人的债权。
   • 如果变价所得价款不足以清偿抵押权人的全部债权，抵押权人仍有权就未受清偿的部分向债务人追偿。

三、特殊情况下的处理

1. 别除权行使：

   • 根据《企业破产法》的规定，对债务人的特定财产享有担保权的债权人（即抵押权人），对该特定财产享有优先受偿的权利，这种权利被称为别除权。
   • 在破产程序中，抵押权人可以依法行使别除权，直接就抵押财产变价所得价款优先受偿，而无需等待破产财产的全面分配。

2. 抵押财产不足以清偿全部债务：

   • 如果抵押财产变价所得价款不足以清偿抵押权人的全部债权，抵押权人仍有权就未受清偿的部分参与破产财产的分配。
   • 在这种情况下，抵押权人将作为普通债权人参与破产财产的分配程序，按照法定顺序受偿。

四、法律建议

1. 对于抵押权人：

   • 在破产程序中，抵押权人应密切关注抵押财产的变价情况，确保自己的优先受偿权得到实现。
   • 如果发现管理人存在不当行为或抵押财产变价所得价款不足以清偿债权，抵押权人应及时向人民法院或管理人提出异议，维护自己的合法权益。

2. 对于债务人或其他债权人：

   • 债务人应积极配合管理人的工作，提供必要的财产信息和协助，确保破产程序的顺利进行。
   • 其他债权人应关注破产财产的分配情况，确保自己的债权得到公平受偿。如果发现抵押权人存在不当行为或管理人存在疏忽，其他债权人也有权提出异议或采取其他法律措施。

总结来说，在破产程序中，抵押财产通常会被纳入变价方案，但具体处理方式需依据抵押权是否成立、抵押财产是否属于破产财产以及管理人的具体操作等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。