公司一般无权仅保留近两年的工资台账，但具体需结合实际情况及地方规定判断。以下从多个角度进行分析：

一、法律法规层面

根据《工资支付暂行规定》第六条：“用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。”这一规定明确了用人单位在工资支付记录方面的保存义务，即至少保存两年以上。然而，这并不意味着用人单位可以仅保留近两年的工资台账，而是强调了用人单位在支付工资时，应确保有至少两年的工资支付记录可供查验。

进一步分析：虽然法规规定了“两年以上”的保存期限，但并未明确上限。从法律逻辑上讲，“以上”包括本数，且未设定上限，意味着用人单位在条件允许的情况下，应尽可能保存更长时间的工资台账，以便在需要时提供完整的工资支付记录。

二、地方规定与司法实践

不同地区可能根据当地实际情况，对工资台账的保存期限作出更具体或更严格的规定。例如，某些地区可能要求用人单位保存工资台账的时间超过两年。此外，在司法实践中，如果劳动者与用人单位因工资支付问题发生纠纷，且需要查阅更长时间的工资台账作为证据，法院可能会根据案件具体情况，要求用人单位提供更长时间的工资支付记录。

举例说明：假设某劳动者与用人单位因加班费问题发生纠纷，劳动者主张过去三年内均存在加班情况，但用人单位仅提供了近两年的工资台账作为证据。在此情况下，如果劳动者能够提供其他证据（如考勤记录、工作邮件等）证明其过去三年内确实存在加班情况，而用人单位无法提供完整的工资支付记录来反驳劳动者的主张，法院可能会倾向于支持劳动者的诉求。

三、用人单位的实际操作与风险防控

从用人单位的实际操作角度来看，虽然法规规定了至少两年的保存期限，但为了降低法律风险、保障劳动者权益以及便于内部管理，用人单位应考虑保存更长时间的工资台账。这样不仅可以避免在劳动纠纷中因无法提供完整证据而承担不利后果，还可以提高内部管理的效率和透明度。

建议：用人单位应建立完善的工资支付记录管理制度，明确工资台账的保存期限、保存方式以及查阅流程等。同时，应定期对工资台账进行整理和归档，确保工资支付记录的完整性和可追溯性。

四、特殊情况下的处理

如果用人单位因特殊原因（如系统升级、数据迁移等）确实无法保存更长时间的工资台账，应提前与劳动者进行沟通并说明情况。在必要时，可以寻求法律专业人士的帮助，以制定合理的解决方案并降低法律风险。

总结：公司一般无权仅保留近两年的工资台账。虽然法规规定了至少两年的保存期限，但用人单位应考虑保存更长时间的工资台账以降低法律风险并保障劳动者权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。