在处理夫妻共同财产抵债，而另一方主张其份额的问题时，法院会依据一系列法律原则和程序来公正、合理地解决。以下是对这一问题的详细解答：
一、明确债务性质
首先，法院会明确债务的性质，这是决定如何执行夫妻共同财产的关键。债务分为个人债务和夫妻共同债务两种：
个人债务：这是指夫妻一方在婚姻关系存续期间以个人名义超出家庭日常生活需要所负的债务。例如，未经对方同意独自筹资从事经营活动，且收入未用于家庭共同生活的债务。
夫妻共同债务：这是指夫妻双方共同签名或一方事后追认等共同意思表示所负的债务，以及为家庭日常生活需要所负的债务。如共同购买生活用品、投资经营产生的债务等。
二、根据债务性质决定执行方式
（一）个人债务的执行
原则不直接执行共同房产：由于是个人债务，原则上法院不会直接对夫妻共同房产进行整体执行，以保护另一方的合法财产权益。
执行债务人份额：
特殊情况处理：如果无法证明夫妻间财产归属有明确约定，或者无法确定各自的具体份额，法院可能会对整个房产采取执行措施。在这种情况下，另一方需要通过法律途径来维护自己的权益。
（二）夫妻共同债务的执行
可执行共同房产：由于债务是共同的，夫妻双方都承担连带清偿责任。因此，法院可以对共同房产进行整体执行以偿还债务。
保障生存权益：在执行过程中，法院会考虑被执行人及其所扶养家属的基本生活需要。例如，法院可能会通过置换房屋等方式，确保被执行人及其家属有房可住后再进行执行。
三、其他考虑因素
除了债务性质和房产归属外，法院在决定执行方式时还会考虑以下因素：
债务大小与房产价值：法院会综合考虑债务的具体金额和房产的市场价值，以确定最合适的执行方案。
双方经济状况：法院会评估夫妻双方的经济状况，包括收入、财产等，以确保执行方案的公平性和合理性。
其他可供执行财产：如果存在其他可供执行的财产，法院可能会优先考虑执行这些财产，以减少对夫妻共同房产的影响。
四、结论与建议
面对夫妻共同财产抵债而另一方主张份额的问题，法院将依据债务性质、房产归属及具体情况来决定执行方式。建议夫妻双方及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并积极配合法院的执行工作。同时，通过法律途径来维护自身权益也是非常重要的。在日常生活中，夫妻双方应合理规划财务，避免不必要的法律风险。