在发生战争这一不可抗力事件时，船公司对货主的收费及索赔问题需分情况讨论，具体如下：
关于收费问题
- 合同条款优先：首先需审查运输合同中关于不可抗力的条款。若合同明确约定战争属于不可抗力，并规定了在此情形下的费用承担方式（如免除滞期费、堆存费等），则船公司应按合同约定执行，不得额外收费。
- 无约定时的处理：若合同未明确约定，根据《联合国国际货物销售合同公约》（CISG）或相关国内法（如中国《民法典》），不可抗力导致合同无法履行时，受影响方有权免除部分或全部责任。船公司通常不得因战争导致的延误或取消航次而向货主收取额外费用，但已发生的合理费用（如实际运输成本）可能仍需货主承担。
- 公平原则适用：在无明确约定时，船公司与货主可协商分担损失。例如，船公司可能要求货主承担部分燃油费、港口费等实际支出，但需证明费用的合理性与必要性。
关于索赔问题
- 船公司向货主索赔：若战争导致货物损坏、灭失或延误，船公司通常无需对货主承担赔偿责任，除非能证明船公司存在过错（如未采取合理避险措施）。但若合同约定船公司需对战争风险投保（如战争险），则货主可依据保险合同向保险公司索赔，船公司需协助提供相关文件。
- 货主向船公司索赔：若货主能证明船公司未履行合同义务（如未按约定时间运输货物），且该违约与战争无关（如船公司自身管理问题），则货主仍有权索赔。但若违约直接由战争导致，船公司可主张免责。
- 共同海损分摊：若战争导致船舶或货物面临共同危险，船长宣布共同海损后，货主需按货物价值比例分摊共同海损费用（如牺牲的货物、救助费用等）。船公司应提供共同海损理算报告，货主需在规定时间内声明是否接受分摊。
实务建议
- 合同审查：货主与船公司应在合同中明确约定不可抗力条款，包括战争的定义、费用承担、免责范围等，以减少争议。
- 保险安排：货主应购买战争险等附加险，以覆盖战争风险导致的损失。船公司也应确保船舶保险覆盖战争风险，避免自身损失。
- 证据保留：双方应保留与战争事件相关的证据（如政府公告、新闻报道、船舶日志等），以证明不可抗力的发生及其影响。
- 协商与调解：发生争议时，双方可优先通过协商或调解解决，以降低诉讼成本。若协商无果，可依据合同仲裁条款或诉讼管辖约定解决争议。
总结：战争作为不可抗力事件，对船公司与货主之间的收费及索赔问题影响复杂。双方应依据合同约定、法律规定及公平原则处理争议，并通过保险、证据保留等措施降低风险。如有具体案件或合同条款需要分析，可直接向我咨询。