结论：招标代理的大股东是投标人分公司负责人，这种情况通常是不被允许的，因为它可能引发利益冲突和影响招标的公正性。

分析：

1. 利益冲突原则：

   • 在招标过程中，确保公正、公平和透明是至关重要的。如果招标代理的大股东同时也是投标人的分公司负责人，这明显构成了利益冲突。因为该大股东可能会利用其地位影响招标结果，以偏向其关联的投标人，从而损害其他投标人的利益。

2. 招标代理的独立性：

   • 招标代理应当是一个独立的第三方，其职责是确保招标过程的公正性和透明度。如果招标代理与投标人存在关联关系，特别是如大股东这样的紧密关系，那么招标代理的独立性将受到严重质疑。

3. 法律法规的遵循：

   • 根据相关法律法规，招标代理机构及其工作人员不得与投标人存在利害关系，以免影响招标的公正性。虽然具体条款可能因地区和具体法规而异，但这一原则是普遍适用的。如果招标代理的大股东是投标人的分公司负责人，这很可能违反了相关法律法规中关于利益冲突和公正性的规定。

4. 实际操作的考量：

   • 在实际操作中，如果发现招标代理与投标人存在此类关联关系，监管机构或相关方很可能会要求招标代理更换人员或采取其他措施以确保招标的公正性。此外，这种关联关系也可能成为其他投标人提出异议或投诉的理由。

建议：

• 如果您是招标方或相关监管机构，发现招标代理存在此类关联关系，应立即要求招标代理进行整改，如更换大股东或调整相关人员安排，以确保招标的公正性和透明度。
• 如果您是投标人或其他相关方，对招标代理的公正性存在疑问，可以向监管机构提出异议或投诉，并提供相关证据支持您的观点。

后续行动：

• 在处理此类问题时，建议详细审查相关法律法规和招标文件中的具体规定，以确保决策的合法性和合规性。
• 如果需要进一步的法律咨询或协助，请随时向我提问，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。