结论：投标人分公司负责人是招标代理机构的大股东，这种情况在法律上并不被直接禁止，但可能引发利益冲突和公正性质疑，需根据具体情况谨慎评估并采取相应措施。

分析：

1. 法律层面：

   • 从直接的法律规定来看，并没有明确条款禁止投标人分公司负责人成为招标代理机构的大股东。然而，这种关系可能构成潜在的利益冲突，因为分公司负责人可能因其与招标代理机构的关联关系而影响投标的公正性。
   • 在招投标活动中，公正性和透明度是至关重要的。如果投标人分公司负责人与招标代理机构存在紧密的经济联系，如大股东关系，这可能会引发其他投标人或监管机构对投标过程公正性的质疑。

2. 利益冲突与公正性：

   • 利益冲突是招投标活动中需要特别关注的问题。当投标人分公司负责人与招标代理机构存在大股东关系时，这种关系可能被视为一种利益冲突，因为它可能影响投标决策的公正性。
   • 为了维护招投标的公正性，招标人或招标代理机构应当采取措施避免或披露这种潜在的利益冲突。例如，可以要求投标人分公司负责人回避相关投标活动，或者在招标文件中明确披露这种关系，并说明将如何确保投标的公正性。

3. 实际操作建议：

   • 披露与回避：如果投标人分公司负责人确实是招标代理机构的大股东，建议在投标前向招标人披露这一关系，并根据情况考虑是否让该负责人回避相关投标活动。
   • 加强监管：招标人或招标代理机构应加强对投标活动的监管，确保所有投标活动都在公正、透明的环境下进行。这包括审查投标文件的真实性、合规性，以及监督投标过程的公正性。
   • 法律咨询：在涉及复杂利益关系的情况下，建议咨询专业律师或法律机构，以确保所有操作都符合相关法律法规和招投标活动的最佳实践。

可能后果：

• 如果未妥善处理这种利益冲突关系，可能会引发其他投标人的投诉或质疑，甚至可能导致投标结果被撤销或重新招标。
• 在极端情况下，如果这种关系被证实影响了投标的公正性，相关责任人可能会面临法律责任。

总结与建议： 虽然法律没有直接禁止投标人分公司负责人成为招标代理机构的大股东，但这种关系可能引发利益冲突和公正性质疑。因此，建议在实际操作中谨慎评估并采取相应措施，如披露关系、回避相关活动或加强监管等，以确保招投标活动的公正性和透明度。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。