机动车转让时双方签订的协议，在满足特定条件时是有效的，对双方具有法律约束力。以下从多个角度为您详细分析：

一、协议有效的条件

1. 主体适格

   • 双方当事人需具备相应的民事行为能力。自然人应年满18周岁且精神状态正常，能够独立实施民事法律行为。若一方为限制民事行为能力人（如未成年人），其签订的协议需经法定代理人同意或追认后才有效。法人或非法人组织则需依法设立，并具备相应的权利能力和行为能力。

2. 意思表示真实

   • 协议的签订必须是双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。例如，卖方不能隐瞒车辆的重大事故记录、泡水历史等影响车辆价值和使用安全的问题；买方也不能通过非法手段迫使卖方签订协议。

3. 内容合法

   • 协议的内容不得违反法律法规的强制性规定，如涉及走私、盗抢车辆等违法情形，协议无效。同时，协议内容应遵循公序良俗，不得用于非法活动或违背社会道德伦理。

4. 形式合法

   • 虽然法律对车辆转让协议的形式没有严格要求，但为了避免纠纷和便于证据保存，建议采用书面形式。书面协议能够更清晰地明确双方的权利义务关系，并在发生争议时作为有力证据。

5. 应办理车辆过户手续

   • 车辆过户是所有权转移的法定要件。虽然未办理过户手续不影响协议本身的效力，但及时办理可以避免在车辆发生纠纷时给双方带来风险，如交通事故责任认定等。

二、协议无效或可撤销的情况

1. 无效的情况

   • 一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益。
   • 恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益。
   • 以合法形式掩盖非法目的。
   • 损害社会公共利益。
   • 违反法律、行政法规的强制性规定，如转让被查封、扣押、监管的车辆。

2. 可撤销的情况

   • 因重大误解订立的协议，如买方误以为车辆是某一年款的高配车型而签订购买协议，后发现实际上是低配车型。
   • 在订立合同时显失公平，如卖方利用买方急需用车的困境，以过高的价格出售车辆。
   • 一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同。

三、法律建议

1. 明确协议内容

   • 在签订车辆转让协议时，双方应明确约定车辆的基本信息（品牌、型号、车架号、发动机号）、转让价格、支付方式、过户手续、违约责任等内容，并确保协议内容真实、合法、有效。

2. 尽快办理过户手续

   • 双方应尽快办理车辆过户手续，以确保车辆所有权的合法转移，避免潜在的法律风险。

3. 保留相关证据

   • 在签订和履行协议过程中，双方应保留好相关证据，如协议文本、付款凭证、车辆交付证明等，以便在发生争议时维护自己的合法权益。

总结来说，机动车转让时双方签订的协议在满足特定条件时是有效的。为确保双方权益得到充分保障，建议在签订协议前仔细审查协议内容，并严格按照法律规定办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。