关于上级单位借调下级单位员工时是否需要支付员工薪酬的问题，结论需分情况讨论，主要取决于借调协议的具体约定以及相关法律法规的适用情况。以下是具体分析：

1. 若借调协议中有明确约定
   借调协议是明确双方权利义务的核心依据。若协议中明确约定由上级单位承担员工薪酬（包括基本工资、奖金、社保等），则上级单位需按约定支付；若约定由下级单位继续支付，则上级单位无需支付，但可能需承担其他费用（如差旅补贴、项目奖励等）。
   建议：签订借调协议时，务必明确薪酬支付主体、金额、调整机制及违约责任，避免后续纠纷。

2. 若借调协议未明确约定
   根据《劳动合同法》及相关司法实践，员工与下级单位仍存在劳动关系，原则上薪酬应由下级单位支付。但上级单位可能因实际使用员工而需承担“额外成本”，例如：

   • 若借调导致员工原岗位工作无法开展，下级单位可能需安排替代人员并产生额外支出，此时可与上级单位协商分担费用；
     
   • 若借调期间员工为上级单位创造直接经济效益（如项目收益），上级单位可能需按公平原则支付合理报酬。
     建议：无约定时，双方应基于实际用工情况协商补充协议，或通过内部财务结算方式明确费用分担。

3. 特殊情形：长期借调或“变相调岗”
   若借调期限过长（如超过6个月）或员工实际已长期为上级单位工作，可能被认定为“事实劳动关系转移”。此时：

   • 员工可能主张与上级单位建立劳动关系，要求上级单位直接支付薪酬并补缴社保；
     
   • 下级单位可能因未实际用工而要求解除与员工的劳动关系，引发连锁纠纷。
     建议：避免长期借调，若需长期用工，应通过正式调岗或劳务派遣等方式规范操作。

总结：借调薪酬支付无统一答案，需结合协议约定、用工实际及法律规定综合判断。若您涉及具体借调纠纷或需起草协议，可直接向我咨询，我会根据细节提供针对性方案。