违规发放的工资一般由劳动行政部门或相关执法机构负责追回，具体追回主体和方式需根据违规情形和法律规定来确定。以下从不同角度详细分析：
一、违规发放工资的情形及追回主体
未按照劳动合同约定或国家规定及时足额支付劳动报酬
- 追回主体：劳动行政部门（如人力资源和社会保障局）有权责令用人单位限期支付劳动报酬。若用人单位逾期不支付，劳动行政部门可责令其加付赔偿金。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的……。
以实物、有价证券等形式代替货币支付工资
- 追回主体：同样由劳动行政部门责令用人单位限期改正，并可能面临罚款等行政处罚。若因此给劳动者造成损失，用人单位还需承担赔偿责任。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第五条，工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。若用人单位违反此规定，劳动行政部门可依据相关法律法规进行处罚。
克扣或无故拖欠工资
- 追回主体：劳动行政部门是主要的追回主体，负责责令用人单位支付被克扣或拖欠的工资，并可能要求用人单位支付赔偿金。
- 法律依据：除了《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条外，《中华人民共和国劳动法》第九十一条也规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
二、追回工资的具体方式
- 行政处理：劳动行政部门在接到劳动者投诉或举报后，会进行调查核实。若确认用人单位存在违规发放工资的行为，会依法责令用人单位限期支付，并可能加付赔偿金或进行罚款等行政处罚。
- 劳动仲裁：若劳动者与用人单位因工资支付问题发生争议，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会会根据双方提供的证据和法律法规进行裁决，要求用人单位支付违规发放的工资及可能的赔偿金。
- 民事诉讼：在劳动仲裁裁决后，若用人单位仍不履行支付义务，劳动者可以向人民法院提起民事诉讼。法院会依法审理案件，并作出判决要求用人单位支付工资及赔偿金。
三、特殊情况下的追回主体
- 若违规发放工资涉及刑事犯罪（如职务侵占、挪用资金等），则公安机关会介入调查，并依法追究相关责任人的刑事责任。此时，追回工资的过程可能涉及刑事诉讼程序，由公安机关、检察机关和法院共同完成。
四、建议与提醒
- 保留证据：劳动者在发现用人单位违规发放工资时，应尽快收集相关证据（如工资条、银行转账记录、劳动合同等），以便在后续维权过程中证明自己的权益。
- 及时投诉：一旦发现用人单位存在违规发放工资的行为，劳动者应及时向劳动行政部门投诉或举报，以便尽快启动追回程序。
- 寻求法律援助：若劳动者在追回工资过程中遇到困难或疑问，可以向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。
总之，违规发放的工资一般由劳动行政部门或相关执法机构负责追回。劳动者在发现此类行为时，应保留证据、及时投诉，并在必要时寻求法律援助。