结论：分公司中标后，总公司能否签协议，主要取决于分公司是否具备独立的营业执照及相应的民事行为能力。在符合相关法律法规的前提下，拥有独立营业执照的分公司中标后，总公司可以与其签订协议。

详细分析：

1. 法律主体资格与签约能力：

   • 分公司作为总公司的分支机构，其法律地位取决于是否具备独立法人资格及营业执照。若分公司持有独立营业执照，则在核准登记的经营范围内享有相对独立的经营资格和签约能力，可以以自己的名义对外签订合同，包括与总公司之间的合同。
   • 总公司作为独立法人实体，拥有完全的民事权利能力和民事行为能力，能够自由地进行各类民事活动，包括与分公司签订合同。

2. 中标与签约的合规性：

   • 分公司中标后，若其具备独立签约能力，则总公司可以与其签订协议，但需确保协议内容合法、合规，且符合招标文件的要求。
   • 若分公司不具备独立签约能力（如未领取营业执照），则中标后的签约行为应由总公司统一进行，分公司不得以自己名义签订合同。

3. 关联交易的合规性：

   • 分公司与总公司之间的合同签订构成关联交易，必须遵循公平、公正原则，确保交易价格合理公允，不得通过不合理的合同条款损害其他债权人利益或逃避税收责任。
   • 内部决策流程方面，此类合同通常需要遵循公司内部的管理规定，可能涉及相关部门的审批及公司高层或董事会的审议，以确保交易符合公司整体战略和利益最大化原则。

4. 合同效力问题：

   • 合同的有效性取决于是否符合《民法典》规定的生效要件，即双方需具备民事行为能力、意思表示真实、合同内容合法且不违背公序良俗。满足这些条件的合同将被视为有效。
   • 若合同存在恶意串通损害第三方利益、以合法形式掩盖非法目的等情形，根据法律规定，该合同将被认定为无效。

法律建议：

• 在实际操作中，建议总公司与分公司明确各自的法律地位和签约能力，确保在符合法律法规的前提下进行合同签订。
• 若分公司中标后需由总公司签订协议，应确保分公司具备独立营业执照及签约能力，或由总公司统一进行签约行为。
• 关联交易应遵循公平、公正原则，确保交易价格合理公允，并履行内部决策流程，以避免法律风险和纠纷。

可能法律后果：

• 若分公司不具备独立签约能力而擅自签订合同，可能导致合同无效或被撤销，给公司带来法律风险和经济损失。
• 若关联交易存在不公平、不公正情形，可能损害其他债权人利益或逃避税收责任，引发法律纠纷和监管处罚。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。