即使侦察阶段嫌疑人对鉴定有异议，案件仍然会移送检察院。下面我将详细解释这一结论：
在刑事案件的处理流程中，侦察阶段只是案件处理的初步阶段。在这一阶段，警方会进行调查取证，包括但不限于对嫌疑人进行鉴定。然而，嫌疑人对鉴定结果有异议，并不意味着案件就会停止不前或者不会进入下一阶段。
鉴定异议的处理：
- 嫌疑人对鉴定有异议时，可以通过合法途径提出。例如，可以要求重新鉴定或者提供新的证据来反驳原有的鉴定结论。
- 警方在接到异议后，会根据法律规定和案件实际情况，决定是否采纳嫌疑人的意见，或者进行进一步的调查取证。
案件移送检察院的必要性：
- 无论嫌疑人对鉴定结果是否有异议，警方在侦察阶段结束后，都需要将案件移送检察院进行审查起诉。
- 检察院会对案件进行全面审查，包括警方的调查取证过程、证据的真实性、合法性以及嫌疑人的罪责等。
- 如果检察院认为案件证据充分、事实清楚，符合起诉条件，就会向法院提起公诉。
嫌疑人权益的保障：
- 在整个刑事案件处理过程中，嫌疑人的合法权益都会得到法律的保护。
- 嫌疑人有权对鉴定结果提出异议，并有权要求重新鉴定或者提供新的证据。
- 嫌疑人在检察院审查起诉阶段和法院审判阶段，都有权聘请律师进行辩护，维护自己的合法权益。
综上所述，即使侦察阶段嫌疑人对鉴定有异议，案件仍然会按照法定程序移送检察院进行审查起诉。嫌疑人的异议会在后续的法律程序中得到处理，并且其合法权益会得到充分的保障。如果你对此类问题还有其他疑问或者需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。