逾期自动部分扣款在法律上通常会被认定为还款行为，但具体效力需结合合同约定和实际履行情况综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 合同约定优先
   若贷款合同中明确约定”逾期后系统自动从账户扣划款项用于偿还欠款”，则部分扣款行为直接构成还款。此时需注意：

   • 扣款顺序：合同可能约定优先偿还利息、违约金或本金（如《民法典》第561条规定债务人给付不足以清偿全部债务时，按实现债权费用→利息→主债务顺序抵充）；
     
   • 扣款金额：若扣款仅覆盖部分欠款，剩余未还部分仍会继续产生逾期责任。

2. 无明确约定时的法律推定
   若合同未约定自动扣款，但借款人账户被扣划款项，需分情况处理：

   • 借款人授权扣款：如曾签署代扣协议，扣款行为有效，视为履行还款义务；
     
   • 无授权扣款：可能涉及侵权（如银行擅自扣划非约定账户资金），但若扣款确用于偿还借款，法院可能认定实际履行效果，借款人仍需对剩余债务负责。

3. 实务中的关键证据
   无论何种情况，建议保留以下证据以明确还款效力：

   • 扣款记录（银行流水需显示对方账户信息）；
     
   • 贷款合同中关于还款方式的条款；
     
   • 与贷款方的沟通记录（如短信、邮件确认扣款用途）。

风险提示：部分扣款可能导致以下后果：

• 仍被认定为逾期（如未达到最低还款额要求）；
  
• 产生循环利息（如信用卡部分还款后剩余本金继续计息）；
  
• 影响征信记录（若未全额清偿逾期债务）。

如遇纠纷，建议携带合同、扣款凭证等材料进一步分析。