国家重点建设工程项目不能违法占地。以下从多个角度为你详细分析：

法律层面

根据我国相关法律法规，任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。国家重点建设工程项目虽然具有重要性和特殊性，但同样必须遵守这些规定，不能凌驾于法律之上违法占地。

例如，《中华人民共和国土地管理法》第四十四条规定：“建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。永久基本农田转为建设用地的，由国务院批准。在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次按照国务院规定由原批准土地利用总体规划的机关或者其授权的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围外，将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，由国务院或者国务院授权的省、自治区、直辖市人民政府批准。”这明确规定了农用地转为建设用地的审批程序，国家重点建设工程项目也必须遵循。

违法后果层面

如果国家重点建设工程项目违法占地，将面临一系列严重的法律后果。

1. 行政处罚：相关主管部门会责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。罚款的数额会根据违法占地的面积、土地类型等因素确定，例如《土地管理法实施条例》第五十七条规定：“依照《土地管理法》第七十七条的规定处以罚款的，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。”
2. 对相关责任人的处分：违法占地的行为可能会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予处分，包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。
3. 刑事责任：如果违法占地行为情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。例如，非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上的，就可能涉嫌非法占用农用地罪。

社会影响层面

国家重点建设工程项目违法占地还会产生不良的社会影响。一方面，会损害政府的公信力和形象，因为政府是这些项目的推动者和监管者，违法占地行为会让公众对政府的依法行政能力产生质疑。另一方面，会破坏社会公平正义，其他合法合规的项目可能会因为违法占地行为而受到不公平的竞争，影响市场的正常秩序。

综上所述，国家重点建设工程项目必须严格遵守法律法规，依法申请使用土地，不能违法占地。如果你在建设工程领域遇到相关的法律问题，可以直接向我咨询。