结论：公司欠款时法人开出支票，后因更换财务章银行判支票作废，这种情况下可通过与银行沟通、协商补救措施，若无法解决可考虑通过法律途径追究相关方责任来处理。以下是详细分析：
与银行沟通协商
- 了解作废原因及依据
- 首先，要明确银行判定支票作废的具体原因和所依据的规则。银行通常有严格的票据处理流程和规定，更换财务章可能涉及到票据签章的有效性问题。根据《票据法》规定，票据上的签章，为签名、盖章或者签名加盖章。法人章和财务章都是票据签章的重要组成部分，财务章的更换可能使银行对票据的真实性和有效性产生质疑。
- 与银行工作人员进行深入沟通，要求其详细解释作出作废决定的依据和流程，查看是否存在误解或错误判断的情况。例如，银行可能没有及时更新公司预留的印鉴信息，导致对新财务章的识别出现问题。
- 提供相关证明材料
- 收集并整理能够证明支票合法性和有效性的材料。这包括公司的营业执照、法人身份证明、原财务章的注销证明、新财务章的备案证明等。这些材料可以证明公司财务章的更换是合法合规的，新财务章具有法律效力。
- 如果支票的开具是基于真实的交易关系，还应提供相关的合同、发票等交易凭证，以证明公司欠款的事实和支票的用途。向银行提交这些材料，争取让银行重新审核并认可支票的有效性。
- 协商补救措施
- 如果银行坚持认为支票作废，可以与银行协商其他补救措施。例如，请求银行协助办理票据的更换手续，重新开具一张有效支票；或者协商采用其他支付方式，如电汇、转账等，以尽快解决公司欠款问题，避免给公司造成更大的损失。
法律途径
- 分析责任主体
- 如果与银行沟通协商无果，需要分析可能存在的责任主体。一方面，如果银行在处理支票过程中存在过错，如未按照规定程序审核票据、错误判定支票作废等，银行应承担相应的责任。另一方面，如果公司内部在财务章更换过程中存在管理不善的情况，导致银行无法及时识别新财务章，公司自身也可能需要承担一定的责任。
- 例如，公司在更换财务章后未及时通知银行更新预留印鉴信息，导致银行在审核支票时无法确认新财务章的有效性，这种情况下公司可能存在一定的过错。但如果银行在明知公司财务章已更换的情况下，仍然以不合理的理由判定支票作废，银行则应承担主要责任。
- 收集证据
- 为了通过法律途径解决问题，需要收集充分的证据来支持自己的主张。除了前面提到的与银行沟通协商过程中收集的材料外，还可以收集银行的处理记录、工作人员的陈述、相关法律法规和规章制度等。
- 例如，可以要求银行出具书面作废决定，记录与银行沟通的时间、地点、参与人员和沟通内容等，这些都可以作为证据在法律程序中使用。
- 选择合适的法律程序
- 根据具体情况选择合适的法律程序来维护自己的权益。如果认为银行的作废决定侵犯了公司的合法权益，可以先向银行的上级主管部门或监管机构进行投诉，要求其介入调查并协调解决。
- 如果投诉无果，可以考虑通过诉讼或仲裁的方式解决纠纷。如果与公司有仲裁协议，应按照仲裁协议的约定向仲裁机构申请仲裁；如果没有仲裁协议，则可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求银行承担相应的法律责任，如赔偿公司因支票作废而遭受的损失等。
在处理此类问题时，要及时行动，避免因拖延导致损失扩大。同时，要注意保留好所有相关的证据和文件，以便在需要时能够提供有力的支持。如果还有其他疑问，欢迎继续向我咨询。