结论：年后回厂上班，不到岗每天扣500元是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若该扣款规定缺乏合法依据或不合理，则不合法。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度
若劳动合同或规章制度中有明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工旷工或未按时到岗的扣款标准，且该标准不违反法律法规的强制性规定，也不显失公平，那么工厂按照约定扣款可能是合法的。但即便如此，每日扣500元的标准也显得过高，可能因显失公平而被认定为无效。因为根据一般的劳动法律原则，扣款应当与员工的过错程度相适应，且不得影响员工的基本生活。
- 如果规章制度中也有类似规定，但该规章制度未经民主程序制定或未公示告知员工，那么该规定对员工不具有约束力，工厂以此扣款则不合法。
若劳动合同或规章制度中无明确约定：
- 工厂无权随意扣款。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工厂因员工未按时到岗而扣款，缺乏明确的法律依据，因此不合法。
二、从扣款合理性的角度
- 扣款金额是否合理：每日扣500元对于大多数劳动者来说，是一个相对较高的金额。如果该扣款金额远超过了员工因未到岗给工厂造成的实际损失，或者该扣款金额使得员工的工资低于当地最低工资标准，那么该扣款规定可能因不合理而被认定为无效。
- 扣款是否影响员工基本生活：劳动法律旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动者能够获得足以维持基本生活的工资。如果扣款导致员工工资过低，无法满足基本生活需求，那么该扣款规定可能因违反劳动法律的原则而被认定为不合法。
三、法律建议
- 对于员工：如果认为工厂的扣款规定不合法或不合理，可以与工厂进行协商，要求工厂停止不合理的扣款行为，并补发被扣的工资。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于工厂：应当制定合法、合理的规章制度，明确员工的权利和义务，以及违反规定的处罚措施。在制定规章制度时，应当遵循民主程序，并公示告知员工。同时，扣款应当与员工的过错程度相适应，且不得影响员工的基本生活。
举例说明：假设某员工的月工资为5000元，因未按时到岗被工厂每日扣500元，一个月下来被扣了1500元（假设旷工3天）。如果该员工的实际损失远低于1500元，或者扣款后该员工的工资低于当地最低工资标准，那么该扣款规定就可能因不合理而被认定为无效。
后续行动建议：如果你或你身边的人遇到了类似的情况，建议先与工厂进行沟通协商，了解扣款的具体依据和合理性。如果协商无果，可以寻求法律援助或向当地劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律解答。