核心结论：预支工资大于实发工资时，劳动者和用人单位需根据具体情况协商或通过法律途径解决，具体处理方式需结合双方约定、公司制度及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 优先协商解决

• 双方协商：若预支工资时未明确约定差额处理方式（如是否需返还、抵扣后续工资等），建议劳动者与用人单位友好协商，明确差额的返还方式（如分期返还、从后续工资中扣除等）。
• 协商内容：可协商签订书面协议，约定返还期限、方式及违约责任，避免后续纠纷。例如，约定从未来3个月工资中每月扣除一定比例，直至差额还清。

2. 依据公司制度处理

• 制度依据：若用人单位有明确的工资预支制度（如规定预支上限、差额处理方式等），且劳动者在预支时已知晓并同意，则差额处理需按制度执行。
• 制度合法性：需确保制度内容不违反《劳动合同法》《工资支付暂行规定》等法律法规（如不得通过预支工资变相收取押金、不得克扣工资等）。若制度违法，劳动者有权拒绝不合理要求。

3. 法律视角下的处理原则

• 劳动者义务：若预支工资属于借款性质（如劳动者向公司借款并签署借条），则劳动者需按约定返还差额，否则用人单位可通过法律途径追偿。
• 用人单位义务：若预支工资属于工资提前发放（如因特殊原因提前支付部分工资），则实发工资不得低于当地最低工资标准。若差额因用人单位计算错误导致，用人单位需补足差额；若因劳动者提供虚假信息（如虚报工时）导致，用人单位可要求返还多付部分。
• 禁止克扣工资：根据《工资支付暂行规定》第16条，用人单位仅在劳动者造成经济损失且双方约定赔偿方式时，方可从工资中扣除赔偿，但每月扣除部分不得超过工资的20%。若用人单位以“预支差额”为由直接克扣工资，可能涉嫌违法。

4. 特殊情形处理

• 劳动者离职时：若劳动者离职时预支工资未结清，用人单位可要求返还差额，但需通过合法途径（如协商、劳动仲裁）解决，不得擅自扣发离职证明或档案。
• 用人单位破产或倒闭：若用人单位无法继续经营，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求确认工资债权并参与破产分配。

5. 建议行动步骤

• 劳动者：
  1. 核对预支协议、工资条等证据，明确差额原因；
  2. 与用人单位协商，保留书面沟通记录；
  3. 若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
• 用人单位：
  1. 完善预支工资制度，明确差额处理规则；
  2. 与劳动者签订书面协议，避免口头约定；
  3. 若劳动者拒不返还，可依法提起民事诉讼。

提示：预支工资问题涉及劳动法与合同法的交叉领域，具体处理需结合证据和细节判断。若有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细解答。