侵占永久基本农田的行为，主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责处理。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、行政处理部门及职责

1. 自然资源主管部门：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，县级以上人民政府自然资源主管部门是土地管理的主要部门，负责查处非法占用土地的行为，包括侵占永久基本农田。
   • 该部门有权责令违法者限期改正或治理，恢复土地原状；处以罚款；没收违法所得；拆除违法建筑等。

2. 农业农村主管部门：

   • 在某些情况下，农业农村主管部门也可能参与处理侵占永久基本农田的行为，特别是当该行为涉及农业用地转用或农业设施建设时。
   • 但通常，农业农村主管部门更多是在自然资源主管部门的主导下，提供农业方面的专业意见或协助执行相关农业恢复措施。

二、处理流程与措施

1. 立案调查：

   • 一旦发现侵占永久基本农田的行为，自然资源主管部门将立案调查，收集证据，查明事实。

2. 责令改正与治理：

   • 根据调查结果，自然资源主管部门将责令违法者限期改正或治理，如拆除违规建筑、恢复土地原状等。

3. 罚款与没收：

   • 对违法者处以罚款，罚款金额根据违法情节的严重程度和占用土地的面积等因素确定。
   • 在某些情况下，还可能没收违法所得或在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。

4. 刑事追责：

   • 如果侵占永久基本农田的行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，自然资源主管部门将移送司法机关追究刑事责任。

三、法律后果与责任

1. 行政责任：

   • 违法者将面临行政处罚，包括罚款、没收违法所得、拆除违法建筑等。
   • 行政处罚的记录可能影响违法者的信用记录和未来的土地使用申请。

2. 刑事责任：

   • 如果行为构成犯罪，违法者将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
   • 刑事处罚的记录将严重影响违法者的个人声誉和未来的生活、工作。

3. 民事责任：

   • 如果侵占行为导致他人损失，如破坏相邻农田的灌溉设施致农作物减产，违法者还需承担民事赔偿责任。

四、实际案例与启示

• 在实际案例中，侵占永久基本农田的行为往往受到严厉的处罚。例如，某地一企业非法占用永久基本农田建设厂房，被自然资源主管部门查处后，不仅被责令拆除厂房、恢复土地原状，还被处以高额罚款，并移送司法机关追究刑事责任。
• 这些案例启示我们，必须严格遵守土地管理法规，不得擅自占用或改变永久基本农田的用途。否则，将面临严厉的法律制裁和不可估量的损失。

总结与建议：侵占永久基本农田是严重的违法行为，主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责处理。违法者将面临行政、刑事和民事等多方面的法律责任。因此，我建议所有单位和个人严格遵守土地管理法规，不得擅自占用或改变永久基本农田的用途。如果遇到相关问题或需要法律帮助，可以直接向我咨询。