在民事诉讼中，撤诉时案件受理费一般按照《诉讼费用交纳办法》的规定减半收取，但特殊情况下费用处理有所不同。以下是对这一问题的详细分析：

一般原则

根据《诉讼费用交纳办法》第十五条的规定，以调解方式结案或者当事人申请撤诉的，案件受理费减半交纳。这一原则适用于大多数民事诉讼案件，是撤诉费用收取的基本准则。

具体情况分析

1. 一审程序中撤诉

   • 原告在一审阶段主动申请撤诉或双方达成调解协议后原告撤诉，案件受理费按正常收费标准的一半收取。例如，如果一审案件受理费为1000元，撤诉后则只需缴纳500元。

2. 二审程序中撤诉

   • 当事人在二审程序中申请撤诉，同样减半交纳案件受理费。二审案件受理费的计算基础可能与一审不同，但减半原则一致。这意味着，无论一审还是二审，撤诉时案件受理费的减半收取原则都是适用的。

3. 小额诉讼程序撤诉

   • 小额诉讼程序本身收费较低，若当事人申请撤诉，也遵循减半原则。通常按件收取的案件受理费在撤诉后减半，这进一步体现了撤诉费用减半收取的普遍性。

4. 独立请求权的第三人参与诉讼并撤诉

   • 有独立请求权的第三人参与诉讼并提出撤诉申请，且人民法院裁定准许的，案件受理费同样减半收取。这一规定确保了独立请求权的第三人在撤诉时也能享受到费用减半的优惠。

5. 行政案件撤诉

   • 在行政案件中，如果被告改变被诉的具体行政行为，原告申请撤诉并得到法院准许，案件受理费也是减半收取。这体现了行政案件中撤诉费用处理的特殊性，但同样遵循了减半收取的原则。

特殊情形

1. 费用退还与补交

   • 若案件已全部缴纳费用，撤诉后法院会退还多收取的一半费用；若当事人部分预交费用，撤诉时只需补齐减半后的剩余费用。这一规定确保了撤诉费用的合理处理，避免了费用的浪费或不足。

2. 驳回起诉或按撤诉处理

   • 如果原告的起诉被法院驳回或按撤诉处理，且已预交案件受理费，这些费用会退还给原告。这一规定保护了原告的合法权益，避免了因起诉被驳回或按撤诉处理而导致的费用损失。

3. 非财产案件

   • 对于一些非财产案件，如离婚案件、侵害人格权案件等，虽然收费方式不是按标的额计算，但在撤诉时同样遵循减半收取的规定。这体现了撤诉费用减半收取原则的广泛适用性。

注意事项

• 具体的撤诉费用可能受到地区、案件性质等因素的影响，因此在实际操作中，建议根据当地法院的具体规定或向我咨询以获取最准确的信息。

综上所述，民事诉讼中的撤诉费用收取是一个复杂而细致的问题，需要综合考虑多种因素。在处理具体案件时，应仔细审查相关法律规定和案件情况，以确保费用的正确收取和退还。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。