结论前置：
- 若公司规章制度合法且扣工资合理，迟到不扣工资虽不常见但合法：即公司可以选择不扣，这属于公司用工自主权的范畴。
- 若公司规章制度不合法或扣工资不合理，迟到不扣工资是合法的，但若公司试图扣工资则不合法：此时，公司无权因迟到而扣工资。
详细分析：
一、公司规章制度合法且扣工资合理的情况
规章制度合法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司应依法建立和完善劳动规章制度，这些制度应涉及劳动报酬、工作时间、劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的内容。
- 规章制度的制定需经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者。
- 若公司未依法制定关于迟到扣工资的规章制度，或制定了但未进行公开公示并告知员工，则该规章制度对员工不具有法律约束力。
扣工资合理：
- 扣罚的金额应合理，不能过高，且应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
- 根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在公司规章制度合法且扣工资合理的前提下，公司可以选择对迟到员工进行扣工资，也可以选择不扣。因此，迟到公司没扣工资，在这种情境下是合法的，且体现了公司对员工的宽容或特定管理策略。
二、公司规章制度不合法或扣工资不合理的情况
规章制度不合法：
- 若公司未依法制定关于迟到扣工资的规章制度，或规章制度制定程序不合法（如未与职工协商、未公示等），则该规章制度对员工不具有法律约束力。
- 在此情况下，公司无权因迟到而扣工资，即使公司试图扣工资，该行为也是违法的。
扣工资不合理：
- 若扣罚金额过高，导致员工工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或扣除比例显失公平，则公司的扣工资行为可能违反法律。
- 在此情况下，公司同样无权因迟到而扣工资，迟到公司没扣工资反而是合法的，体现了对员工权益的保护。
三、特殊情况下的迟到
- 若员工因不可抗力（如自然灾害、交通堵塞等）或其他合理原因导致迟到，公司应考虑实际情况，避免盲目扣工资。
- 在此情况下，即使公司规章制度中有关于迟到扣工资的规定，也可能因存在合理免责事由而无法执行。因此，迟到公司没扣工资是合法的，且体现了公司对员工实际情况的考虑。
劳动者权益保护建议：
- 若劳动者认为公司因迟到扣工资的行为不合法，首先应与公司进行沟通协商，要求其纠正错误做法。
- 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
公司管理建议：
- 公司应制定完善的规章制度，明确工作时间、迟到扣罚措施等内容，并确保规章制度的制定程序合法、内容合理。
- 规章制度制定后，应及时向员工公示或告知，确保员工了解并同意相关规定，避免因此产生纠纷。
- 在执行迟到扣工资时，公司应遵循公平、公正的原则，根据迟到情况合理扣款，避免过度处罚影响员工的工作积极性和满意度。
综上所述，迟到公司没扣工资是否合法，取决于公司规章制度的合法性、扣工资的合理性以及是否存在特殊情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。