当借款合同被法院认定为不合法（即无效）时，法院会根据具体情况作出包括返还财产、赔偿损失、追缴财产等相应的判决。以下是对这一问题的详细分析：

1. 返还财产：

   • 本金返还：借款人需将因合同取得的借款本金全额返还给出借人。这是处理无效借款合同的基本原则，无论合同无效的原因是什么，本金返还都是必须的。
   • 利息与费用处理：无效借款合同一般不存在支付利息的问题。但如果借款方占用资金给出借方造成了实际损失，法院可能会根据双方的过错程度，判决借款方给予适当的资金占用费赔偿，该费用通常低于合同约定的利息，可能参照同期银行活期存款利率计算。若借款人已经支付了一部分利息或费用，这些也可能需要根据具体情况进行返还或折算。

2. 赔偿损失：

   • 单方过错：若出借人明知借款人借款用于违法犯罪活动仍然提供借款，导致合同无效，出借人可能要自行承担部分损失。若借款人故意隐瞒真实情况或提供虚假信息，使出借人在违背真实意思的情况下签订借款合同，借款人应承担出借人的全部损失，包括但不限于本金损失、催讨费用等。
   • 双方过错：若双方都有过错，应当各自承担相应的责任。法院会根据双方的过错程度来判定具体的赔偿责任，确保判决的公平性和合理性。

3. 追缴财产：

   • 如果双方恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的，法院将会判决将双方取得的财产收归国家所有或者返还给集体、第三人。例如，企业间为逃避税收而签订的虚假借款合同，其所得款项可能会被判决收归国家所有。
   • 如果借款合同涉及非法活动，如高利贷、诈骗等，法院还会依法收缴相关非法所得，并可能对相关人员追究法律责任。

4. 特殊情况处理：

   • 部分无效：如果借款合同仅部分无效，而不影响其他部分的效力，那么法院会仅对无效部分进行处理，有效部分仍按照合同约定继续履行。例如，借款合同中关于利息的约定超过了法律规定的上限，则超过部分无效，但本金和合法范围内的利息约定仍然有效。

举例说明： 假设甲与乙签订了一份借款合同，约定甲向乙借款10万元，利息为每月5%。后因甲未按期还款，乙将甲诉至法院。法院在审理过程中发现，该借款合同中的利息约定超过了法律规定的上限（即一年期贷款市场报价利率的四倍），因此认定该利息约定无效。最终，法院判决甲返还乙借款本金10万元，并按照法律规定的利率支付利息，同时驳回了乙关于高额利息的诉讼请求。

后续建议：

• 在签订借款合同时，务必确保合同内容合法、合规，避免涉及违法犯罪活动或高利贷等非法行为。
• 若借款合同被认定为无效，双方应积极配合法院的处理工作，按照判决结果履行各自的义务。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。