结论：民间个人借款以公司个人股权并盖章作担保，在法律上是否生效，需根据具体情况判断，若符合法定形式要件且不存在无效情形，则担保有效；若存在无效情形，则担保无效。以下从不同角度详细分析：
一、担保有效的情形
股权质押的设立符合法定形式要件
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百四十三条：“以基金份额、股权出质的，质权自办理出质登记时设立。”因此，若个人借款时，以公司股权作为担保，并依法办理了出质登记，同时公司也在相关文件上盖章确认，那么该股权质押担保在法律上是生效的。
- 举例：甲向乙借款100万元，甲以其持有的某公司股权作为担保，并依法办理了股权出质登记，同时该公司也在质押合同上盖章确认。在此情况下，若甲未能按时还款，乙有权依法行使质权，处置该股权以优先受偿。
担保合同内容合法且双方意思表示真实
- 担保合同作为民事合同的一种，其有效性还取决于合同内容是否合法以及双方当事人的意思表示是否真实。若担保合同内容合法，且双方当事人在签订合同时均出于自愿，不存在欺诈、胁迫等情形，那么该担保合同在法律上是有效的。
二、担保无效的情形
未依法办理出质登记
- 如前所述，股权质押的设立需依法办理出质登记。若未办理出质登记，即使双方签订了质押合同，该质押合同在法律上也是未生效的。在此情况下，若借款人未能按时还款，出借人无法依法行使质权。
担保合同内容违法或存在无效情形
- 若担保合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形导致合同无效，那么该担保合同在法律上也是无效的。在此情况下，出借人无法依据担保合同要求借款人或担保人承担担保责任。
- 举例：甲向乙借款，甲以其持有的某公司股权作为担保，但双方在签订质押合同时约定，若甲未能按时还款，乙有权直接占有并处置该股权，而无需经过任何法律程序。该约定因违反法律强制性规定（如需经过法定程序才能处置股权）而无效，导致整个质押合同无效。
公司章程或法律规定禁止股权质押
- 某些情况下，公司章程或法律规定可能禁止股东将其持有的股权进行质押。若在此情况下，股东仍将其股权作为担保，并签订了质押合同，那么该质押合同可能因违反公司章程或法律规定而无效。
三、法律建议
- 在签订担保合同时，务必确保合同内容合法且双方意思表示真实。避免使用模糊或歧义的条款，以免引发纠纷。
- 依法办理出质登记。这是股权质押设立的必要条件，也是保障出借人权益的重要措施。
- 了解公司章程和法律规定。在签订担保合同前，应了解公司章程和法律规定是否允许股权质押，以避免因违反规定而导致担保无效。
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