结论：三方协议在未经学校盖章的情况下通常不生效，但如协议中有特殊约定排除学校盖章作为生效要件，且该约定不违反法律法规，则协议在毕业生和用人单位之间可能具有法律效力。以下是对这一问题的详细分析：
一、三方协议生效的基本原则
共同签署要求：
- 三方协议，作为明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中权利和义务的书面协议，其生效通常需要三方的共同签署，即毕业生、用人单位和学校均需在协议上签字或盖章。这是协议完整性和有效性的重要组成部分。
协议内容决定效力：
- 协议中是否明确规定了生效条件至关重要。如果协议中明确规定“需三方全部签字或盖章才能生效”，则任何一方的缺失都会导致协议无效。
- 相反，若协议中有特殊约定，如“本协议经毕业生和用人单位签字或盖章后即生效，无需学校签字”，则即使学校未签字，协议也可按约定生效。但这种情况在实践中并不常见，且需确保该约定不违反法律法规的强制性规定。
二、学校盖章的重要性
增加协议公信力：
- 学校盖章为协议增添了官方认证，提高了协议的公信力和法律效力，有助于降低毕业生遭遇就业欺诈的风险。
保障毕业生权益：
- 学校会对用人单位进行一定程度的审核，盖章意味着学校认可该用人单位及协议条款，有助于维护毕业生的合法权益。同时，学校可依据协议协助毕业生解决就业过程中的纠纷。
确认毕业生资质：
- 对于用人单位而言，学校盖章是对毕业生身份、学历等信息的真实性和有效性的证明，有助于用人单位放心录用。
便于办理手续：
- 在某些情况下，学校盖章的三方协议是用人单位办理接收毕业生手续的重要依据。
三、特殊情况下的协议效力
实际履行行为的影响：
- 在某些情况下，尽管学校未签字，但毕业生已实际到用人单位报到并开始工作，用人单位也接受了毕业生并履行了相应的义务（如安排工作、发放工资等）。根据《民法典》中关于合同实际履行的规定，这种以实际行动履行协议主要义务的行为，可能会被法院认定为协议已经生效并实际履行。然而，这种情况在司法实践中需要结合具体证据和实际情况由法院来最终判定。
条款合法性的考量：
- 即便协议生效，也不意味着其中的所有条款都具备法律效力。协议中的条款必须符合相关法律法规的规定，不能存在违法违规的内容。否则，该条款可能会被视为无效。因此，在签署协议前，应仔细阅读其内容，确保其合法合规。
四、法律建议
仔细审查协议内容：
- 在签订三方协议前，毕业生和用人单位应仔细审查协议内容，确保其合法性和完整性。特别是要关注协议中的生效条件和条款合法性。
及时与学校沟通：
- 如遇学校未及时盖章的情况，应及时与学校沟通了解原因，并尽快完成盖章手续。这有助于确保协议的合法性和有效性。
协商采取其他措施：
- 若因特殊原因无法完成盖章手续，双方应协商采取其他措施确保协议的有效性和双方权益的保护。例如，可以签订补充协议来明确双方的权利和义务以及因学校未盖章而产生的潜在风险和责任分担方式。
保留好相关证据和文件：
- 在整个过程中，保留好相关证据和文件是非常重要的。这有助于在发生纠纷时提供有力的证据支持自己的主张。
总结：三方协议的生效与否取决于具体的协议内容和各方的签署情况。在签署三方协议时，应特别注意协议中的生效条件和条款合法性。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，以确保自身权益得到充分保障。