结论：合同效力问题需分情况讨论，若合同签订时不存在无效情形，则合同有效；土地出让金承担问题，需依据合同约定及法律规定综合判断。
一、合同效力分析
合同签订时房屋为小产权房，但合同内容合法：
- 小产权房通常指的是在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发。尽管小产权房在产权上存在一定瑕疵，但合同本身若不存在违反法律、行政法规的强制性规定，不存在欺诈、胁迫等情形，且双方意思表示真实，则合同在签订时即具有法律效力。
- 法律依据：根据《民法典》第一百四十三条，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
房屋后变成大产权，对合同效力的影响：
- 房屋从小产权变为大产权，通常意味着房屋所占用的土地性质发生了变化，如从集体土地转变为国有土地，并补缴了土地出让金等费用。这一变化并不直接影响之前签订的合同的效力。除非合同中有特别约定，如“房屋性质变更时合同自动失效”等，否则合同仍然有效。
- 法律建议：若房屋性质变更后，双方对合同履行产生争议，应首先查看合同中是否有相关约定。若无约定，则依据合同签订时的法律状态和合同内容来判断合同效力。
二、土地出让金承担问题分析
合同中有明确约定：
- 若合同中明确约定了土地出让金的承担方，如“由买方承担”或“由卖方承担”，则应按照合同约定执行。这是合同自由原则的体现，双方应遵守合同约定。
合同中无明确约定：
- 若合同中未明确约定土地出让金的承担方，则需依据法律规定和公平原则来判断。通常情况下，土地出让金是房屋产权变更过程中必须支付的费用，其承担方可能因房屋性质、交易方式等因素而有所不同。
- 法律分析：在房屋从小产权变为大产权的过程中，若是因为政策调整或政府行为导致土地性质变更，并要求补缴土地出让金，则这一费用可能被视为房屋交易成本的一部分。在这种情况下，双方可以协商分担这一费用；若协商不成，则可能需要根据房屋交易时的市场情况、双方的经济状况等因素，由法院或仲裁机构根据公平原则进行裁决。
- 特殊情况：若房屋性质变更是因为卖方的原因（如卖方私自改变土地用途、未按规定缴纳土地出让金等），则土地出让金应由卖方承担。这是因为卖方的行为导致了房屋产权的瑕疵和交易成本的增加，应由其承担相应的责任。
三、综合建议
- 在签订房屋买卖合同时，应明确约定房屋性质、土地出让金的承担方等关键条款，以避免后续争议。
- 若房屋性质发生变更，双方应及时沟通并协商处理相关事宜，包括土地出让金的承担问题。
- 若双方无法协商一致，可以寻求法律途径解决争议，如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
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