结论：合法土地上的违法建筑不能只办理土地证，且违法建筑本身无法取得合法产权证明，需先处理违法状态后才能进行合法建设及产权登记。

1. 违法建筑的定义与法律后果
   根据《城乡规划法》第六十四条，违法建筑是指未取得建设工程规划许可证或未按照许可证规定建设的建筑物。此类建筑自始不具备合法性，无法通过补办手续直接“转正”，必须先接受行政处罚（如罚款、限期拆除、没收等），消除违法状态后才能进入合法建设程序。

2. 土地证与房产证的关联性
   土地证（不动产权证中的土地部分）与房产证是独立但关联的产权证明。合法土地上若存在违法建筑，即使土地权属清晰，房产部分仍因违法建设无法登记。根据《不动产登记暂行条例》第二十二条，申请不动产登记需提交合法建设证明（如规划许可证、竣工验收备案等），违法建筑显然不符合要求。

3. 实务操作中的处理路径

   • 步骤一：接受行政处罚
     需向当地规划部门或城管部门申请对违法建筑进行认定，并接受处罚（如补缴罚款、限期整改）。若建筑符合规划要求，可能需补办建设工程规划许可证；若不符合，则可能面临拆除或没收。
   • 步骤二：合法化改造或重建
     在消除违法状态后，需重新申请规划许可、施工许可等手续，完成合法建设后方可申请房产登记。
   • 步骤三：同步办理土地与房产证
     合法建筑建成后，可一并申请土地与房产的统一登记，此时土地证与房产证将合并为不动产权证，涵盖土地与房屋权属。

4. 风险提示

   • 若违法建筑未处理，可能面临强制拆除、罚款等行政风险，甚至影响土地续期、抵押等权益。
   • 即使土地合法，违法建筑部分在拆迁补偿中可能被认定为“无证建筑”，补偿标准显著低于合法建筑。

建议：若您涉及此类问题，需先确认违法建筑的具体状态（如建设时间、是否符合规划等），再向当地规划部门咨询处罚与补办流程。如有复杂情况（如历史遗留问题、多部门管辖等），可进一步向我咨询具体操作方案。