经济补偿金的计算标准是应发工资，而非实发工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条及《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的规定，经济补偿金是按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资来计算的，且这个“月工资”明确指的是劳动者的应得工资，即应发工资。应发工资包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入，它全面反映了劳动者在劳动关系存续期间为用人单位提供的劳动价值。
二、应发工资与实发工资的区别
- 应发工资：是劳动者根据工作性质和合同约定应获得的工资总额，是劳动者劳动所得的完整报酬，涵盖了基本工资、岗位工资、绩效工资、奖金、津贴等所有收入形式。
- 实发工资：是劳动者实际到手的工资金额，它在应发工资的基础上扣除了个人所得税、社保公积金个人缴纳部分等费用，因此通常低于应发工资。
三、为何选择应发工资作为计算标准
- 体现劳动者实际贡献：应发工资更全面地反映了劳动者在劳动关系存续期间为用人单位提供的劳动价值，包括基本工资、奖金、津贴等各项收入，能够更准确地体现劳动者的实际贡献。
- 保障劳动者权益：以应发工资为基数计算经济补偿金，能够确保劳动者在离职时获得与其实际付出相匹配的补偿，避免因扣除各项费用而导致补偿金减少，从而有效保障劳动者的合法权益。
- 法律明确规定：如前所述，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》已明确规定经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，这是法律对劳动者权益的明确保障。
四、特殊情况处理
- 如果劳动者在劳动合同解除或终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准，那么经济补偿金的计算将按照当地最低工资标准进行。
- 如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数来计算平均工资。
- 对于月工资高于所在地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，经济补偿金按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
五、注意事项
- 在计算经济补偿金时，不计入经济补偿金基数的收入包括劳动保护费用（如工作服、解毒剂、清凉饮料费用等）以及未列入工资总额的各种劳动报酬及其他劳动收入（如创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖等奖励，以及稿费、讲课费、翻译费等）。
- 在某些特定情况下，如劳动合同有特别约定或地方性法规、政策有专门规定，加班工资可能不被纳入经济补偿金的计算基数，但这需要具体根据相关法律法规和政策来判断。
举例说明：
假设某劳动者在劳动合同解除前12个月的应发工资总额为120,000元（即每月平均10,000元），其中包含了基本工资、奖金和津贴等。在计算经济补偿金时，如果该劳动者在本单位工作了5年，那么他应获得的经济补偿金就是5个月的应发工资，即50,000元。而不是基于他实际到手的工资（实发工资）来计算。
综上所述，经济补偿金的计算严格遵循法律法规，按照应发工资进行，以确保劳动者权益得到充分保障。在实际操作中，用人单位和劳动者均应遵循相关规定，确保经济补偿金的合理计算和支付。如果您在计算经济补偿金时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。