针对您提出的“户口本上孩子与父亲关系存在质疑，做亲子鉴定是否必须指定鉴定机构”的问题，以下是我的详细解答：

首先，需要明确的是，当户口本上孩子与父亲的关系存在质疑，且需要通过亲子鉴定来确认时，必须选择具备相应资质条件的正规亲子鉴定机构进行司法亲子鉴定。这是因为司法亲子鉴定出具的报告具有法律效力，能够被公、检、法等单位认可，从而作为确认亲子关系的有效证据。

为什么必须选择正规亲子鉴定机构？

1. 资质要求：正规的亲子鉴定机构必须持有省级司法厅（局）颁发的《司法鉴定许可证》，且证书上的“鉴定业务范围”需包含“法医物证”。这是机构合法开展亲子鉴定业务的基本前提。

2. 鉴定人资格：司法鉴定机构应具备3人以上的法医物证鉴定人，且这些鉴定人需持有当地司法厅（局）颁发的鉴定人资格证。这确保了鉴定过程的专业性和准确性。

3. 实验室条件：正规机构应配备独立的DNA鉴定实验室，并经过相关部门审核批准，具备相应的资质认证。先进的设备和技术是确保鉴定结果准确性和可靠性的重要保障。

如何选择正规亲子鉴定机构？

1. 查看资质证书：在选择机构时，务必查看其是否持有有效的《司法鉴定许可证》，并确认证书上的鉴定业务范围是否包含“法医物证”。

2. 了解鉴定人资格：询问机构是否具备足够数量的法医物证鉴定人，并确认这些鉴定人是否持有有效的鉴定人资格证。

3. 考察实验室条件：如果可能的话，可以实地考察机构的实验室条件，了解其是否具备先进的设备和技术。

4. 参考口碑和评价：可以通过网络搜索、咨询朋友或亲戚等方式，了解机构的口碑和评价，选择信誉良好的机构进行鉴定。

亲子鉴定流程

1. 预约：提前与选定的正规亲子鉴定机构联系，预约鉴定时间和地点。

2. 准备材料：根据机构要求，准备被鉴定人的有效身份证件（如身份证、户口本等）以及相关委托书。

3. 现场采样：按照预约时间，携带相关材料到机构现场进行采样。采样过程通常包括拍照、采血等步骤。

4. 等待结果：采样完成后，机构会进行DNA测序和分析，并出具鉴定报告。报告出具时间因机构而异，一般需要几天到几周不等。

5. 领取报告：鉴定报告出具后，您可以按照机构通知的时间到现场领取，或者选择邮寄方式接收。

注意事项

• 避免选择非正规机构：非正规机构可能无法保证鉴定结果的准确性和法律效力，甚至可能存在欺诈行为。

• 确认鉴定类型：根据您的需求，确认需要办理的是司法亲子鉴定还是个人亲子鉴定。上户口等法律用途通常需要办理司法亲子鉴定。

• 保护个人隐私：在鉴定过程中，注意保护个人隐私，避免泄露不必要的个人信息。

综上所述，当户口本上孩子与父亲的关系存在质疑时，必须选择具备相应资质条件的正规亲子鉴定机构进行司法亲子鉴定。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时联系我。