行政协议确实适用信赖利益保护原则。以下是对这一问题的详细分析：

一、信赖利益保护原则的基本概念

信赖利益保护原则是指，当个人或组织对行政机关的某种行为、承诺或惯例产生合理信赖，并且这种信赖对其产生了实质性影响时，行政机关不得随意改变这些行为或承诺，除非有充分的正当理由，并且应当给予受到影响的个人或组织适当的补偿。这一原则在行政法领域具有重要地位，旨在维护政府公信力，促进法治建设，并保障社会稳定。

二、行政协议适用信赖利益保护原则的依据

1. 行政协议的性质：行政协议是行政机关与相对人之间基于协商一致而达成的具有行政法上权利义务内容的协议。它兼具行政性和合同性，因此，在行政协议的履行过程中，相对人往往会对行政机关的承诺产生合理信赖。
2. 信赖利益保护原则的适用范围：信赖利益保护原则不仅适用于行政许可、行政奖励等具体行政行为，也适用于行政合同（即行政协议）等双方行政行为。在行政协议中，如果行政机关违反协议约定或随意变更协议内容，导致相对人信赖利益受损，那么相对人就有权依据信赖利益保护原则寻求法律救济。

三、行政协议适用信赖利益保护原则的具体表现

1. 行政协议的稳定性：行政机关在签订行政协议后，应当遵循诚实信用原则，不得随意变更或解除协议。如果因公共利益需要必须变更或解除协议，行政机关应当给予相对人合理的补偿。
2. 相对人信赖利益的保护：在行政协议履行过程中，如果相对人基于对行政机关的信赖而进行了相应的投入或安排，如投资建设、购买设备等，那么当行政机关违反协议约定或随意变更协议内容时，相对人的这些投入或安排就可能遭受损失。此时，行政机关应当根据信赖利益保护原则，对相对人的损失给予合理补偿。
3. 程序保障：在变更或解除行政协议的过程中，行政机关应当严格依法进行，并充分保障相对人的知情权、陈述申辩权和救济权。这有助于确保程序的公正性和透明度，从而维护相对人的合法权益。

四、实践中的案例与启示

在实践中，已经有许多案例体现了行政协议适用信赖利益保护原则的精神。例如，在某些政府特许经营协议中，如果政府因政策调整或公共利益需要而提前终止协议，那么政府通常需要给予特许经营者合理的补偿，以弥补其因信赖协议而产生的损失。这些案例表明，信赖利益保护原则在行政协议领域具有广泛的应用前景和重要的实践意义。

五、法律建议

对于行政机关而言，在签订和履行行政协议时，应当充分尊重和保护相对人的信赖利益。具体而言，行政机关应当做到以下几点：

1. 谨慎签订协议：在签订行政协议前，行政机关应当充分评估协议的可行性和风险性，确保协议内容合法、合理且可行。
2. 严格履行协议：在协议履行过程中，行政机关应当遵循诚实信用原则，严格按照协议约定履行义务，不得随意变更或解除协议。
3. 及时补偿损失：如果因公共利益需要必须变更或解除协议，行政机关应当及时与相对人协商补偿事宜，并给予合理的补偿。

对于相对人而言，在签订和履行行政协议时，也应当增强法律意识，充分了解自己的权利和义务。如果因行政机关的违约行为或随意变更协议内容而遭受损失，相对人应当及时寻求法律救济，维护自己的合法权益。

综上所述，行政协议确实适用信赖利益保护原则。这一原则在维护政府公信力、促进法治建设以及保障社会稳定方面发挥着重要作用。在实际应用中，行政机关和相对人都应当充分尊重和保护信赖利益，确保行政协议的合法性和稳定性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。