建设工程施工合同纠纷在大多数情况下属于专属管辖，但也有例外情况。以下是对这一问题的详细分析：
一、专属管辖的适用
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条（现第三十五条）的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条进一步明确，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。
理由：
- 建设工程施工合同纠纷往往涉及对建设工程的质量、价款结算、工程交付等与不动产紧密相关的问题。
- 由不动产所在地的法院进行管辖，能够方便法院实地勘查工程状况，准确了解案件事实，从而确保案件的公正审理。
- 这样的管辖安排也有利于调查取证工作的顺利进行，为法院提供了更加直接和便捷的途径来获取证据材料。
- 在执行阶段，由不动产所在地的法院处理涉及不动产的相关事宜，能够更加有效地保障执行工作的顺利进行，维护当事人的合法权益。
二、不适用专属管辖的例外情况
协议管辖约定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条（原第三十四条）的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
- 因此，如果建设工程施工合同的当事人在合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反法律关于级别管辖和专属管辖的规定，那么在发生纠纷时，应优先按照协议管辖的约定确定管辖法院。
特定法律规定的不适用：
- 尽管大多数情况下建设工程施工合同纠纷适用专属管辖，但也有观点认为，根据最高人民法院的裁判观点及司法实践，建设工程施工合同纠纷在特定情况下可能不按照专属管辖处理，而是按照一般合同纠纷的管辖原则，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。不过，这一观点并非主流，且在实际操作中需结合具体案件情况和相关法律规定进行判断。
三、结论与建议
结论：
- 建设工程施工合同纠纷在大多数情况下属于专属管辖，应由不动产所在地人民法院进行审理。
- 但也存在例外情况，如当事人之间有有效的协议管辖约定或特定法律规定的不适用情况。
建议：
- 在签订建设工程施工合同时，当事人应就管辖问题作出明确约定，以减少未来可能发生的管辖争议。
- 在发生纠纷时，当事人应及时了解法律规定和合同约定，合理选择管辖法院，以维护自身合法权益。
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