核心结论：盗用他人证件办理港澳通行证属于违法行为，即便已过去二十几年，仍可能面临法律责任追究、证件注销及相关民事赔偿等后果。具体处理方式需结合案件事实、证据情况及法律规定综合判断，以下分情况说明：

1. 法律责任追究的可能性

根据《中华人民共和国居民身份证法》第十七条及《中华人民共和国出境入境管理法》第七十一条，盗用他人身份证件或冒用他人身份办理出入境证件的，可能面临以下责任：

• 行政处罚：公安机关可处以罚款、拘留（如情节严重）；
• 刑事责任：若盗用行为涉及伪造、变造证件，或用于诈骗、洗钱等犯罪活动，可能构成《刑法》第二百八十条之一的“使用虚假身份证件罪”或第二百六十六条“诈骗罪”等，需承担刑事责任；
• 时效问题：行政处罚的追责期限为二年（自违法行为发生之日起计算），但若违法行为涉及犯罪且未被发现的，刑事追诉时效可能长达二十年（视具体罪名而定）。即使已过二十年，若证据充分且未超过刑事追诉时效，仍可能被追究责任。

2. 证件处理与后续影响

• 证件注销：被盗用者可向公安机关出入境管理部门申请注销该港澳通行证，并说明被盗用情况。公安机关需核查事实后予以处理；
• 信用记录：盗用行为可能影响个人征信或出入境记录，需通过法律程序澄清；
• 民事赔偿：若盗用行为导致被盗用者遭受损失（如因证件被盗用产生的法律纠纷、经济损失等），可要求盗用者赔偿。

3. 处理建议

• 对盗用者：
  1. 主动投案：若盗用行为未被发现，可主动向公安机关说明情况，争取从轻处理；
  2. 配合调查：如实提供证据，配合公安机关查明事实；
  3. 承担责任：接受行政处罚或刑事处罚，并赔偿被盗用者损失。
• 对被盗用者：
  1. 报案：立即向公安机关报案，提供被盗用证件的线索及证据；
  2. 申请注销：向出入境管理部门申请注销被盗用的港澳通行证；
  3. 法律维权：若因盗用行为遭受损失，可向法院起诉要求赔偿。

4. 特殊情况说明

• 已过追诉时效：若盗用行为仅涉及行政处罚且已过二年追责期，公安机关可能不再处罚，但证件仍需注销；
• 证据缺失：若无法证明盗用行为与具体损失之间的因果关系，民事赔偿主张可能难以支持。

总结：盗用他人证件办理港澳通行证的行为性质严重，即使时间久远仍可能面临法律后果。建议盗用者主动承担责任，被盗用者及时通过法律途径维护权益。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。