公司被吊销违法营运资质后，需根据具体违法情形承担行政责任、民事责任甚至刑事责任，同时应积极整改、配合调查并依法处理后续事务。 以下是具体分析：

1. 行政责任层面
   若公司因违法营运被吊销资质（如未取得许可擅自经营、超越许可范围经营等），首先需承担行政处罚责任。根据《行政处罚法》及行业相关法规（如《道路运输条例》《危险化学品安全管理条例》等），处罚可能包括：

   • 罚款（金额根据违法情节严重程度确定，可能高达违法所得的数倍）；
     
   • 没收违法所得或非法财物；
     
   • 责令停业整顿；
     
   • 对直接负责的主管人员和其他责任人员处以罚款或行政拘留（如涉及严重违法行为）。
     建议：公司应第一时间配合行政机关调查，主动提交相关证据（如经营记录、合同等），争取从轻或减轻处罚；若对处罚决定不服，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 民事责任层面
   若违法营运行为导致他人损害（如运输过程中发生事故造成乘客或第三方人身、财产损失），公司需承担民事赔偿责任。根据《民法典》第1165条（过错责任原则）或第1229条（高度危险责任），赔偿范围包括医疗费、误工费、财产损失等实际支出，以及可能的精神损害抚慰金。
   建议：公司应立即停止相关业务，妥善处理受害者诉求；若已投保相关责任险（如承运人责任险），及时联系保险公司理赔；同时保留与事故相关的证据（如监控录像、证人证言等），以备后续诉讼或协商。

3. 刑事责任层面
   若违法营运行为触犯刑法（如非法经营罪、危险驾驶罪、重大责任事故罪等），公司及直接责任人员可能面临刑事处罚。例如：

   • 非法经营罪：若经营行为属于“未经许可经营专营、专卖物品或其他限制买卖的物品”，情节严重的，可处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；
     
   • 危险驾驶罪：若在运输过程中存在醉酒驾驶、追逐竞驶等危险行为，可处拘役并处罚金；
     
   • 重大责任事故罪：若因违法营运导致重大事故，造成严重后果的，可处三年以下有期徒刑或拘役。
     建议：公司应立即停止所有违法活动，配合公安机关调查；若已收到刑事立案通知，应尽快委托律师介入，分析行为是否构成犯罪、是否存在从轻或减轻情节（如自首、立功、认罪认罚等），并制定辩护策略。

4. 后续整改与合规建议

   • 资质恢复：若吊销决定非永久性，公司可在整改后按程序申请恢复资质（如补办许可、完善管理制度等）；
     
   • 内部治理：完善公司合规体系，明确经营边界，加强员工培训（如法律风险、安全操作等），避免再次违法；
     
   • 信用修复：若被列入失信名单，需按要求履行义务（如缴纳罚款、赔偿损失等），并申请移出名单，以恢复市场信誉。

总结：公司被吊销违法营运资质后，需从行政、民事、刑事三方面综合应对，同时注重后续整改与合规建设。具体处理方式需结合违法情节、行业规定及司法实践综合判断，建议根据实际情况进一步向我咨询细节。