结论：在刑事案件已经终结的情况下，律师代理申请退回公安机关扣押的款项，一般不能进行风险代理。以下从多个角度进行详细分析：
一、风险代理的定义与适用范围
风险代理，通常指的是律师在代理案件时，与当事人约定根据案件结果来收取律师费的一种代理方式。如果案件胜诉或达到特定结果，律师将获得较高比例的律师费；如果案件败诉或未达到预期结果，律师则可能收取较低费用或甚至不收费。然而，风险代理并不适用于所有类型的案件。
二、刑事案件的特殊性
刑事案件涉及公民的自由、生命等基本权利，其法律程序和结果具有高度的严肃性和敏感性。在刑事案件中，律师的主要职责是提供法律咨询、代理申诉、控告、申请取保候审等，以及为被告人进行辩护，确保被告人的合法权益得到保障。刑事案件的代理并不涉及财产权益的直接争夺，因此，风险代理这种以结果为导向的收费方式在刑事案件中并不常见，也不被鼓励。
三、相关法律法规的规定
《律师服务收费管理办法》：该办法明确规定了律师服务收费的原则和方式，包括计时收费、计件收费和按标的额比例收费等。对于风险代理，该办法也进行了限制，明确禁止刑事诉讼案件、行政诉讼案件、国家赔偿案件、群体性诉讼案件实行风险代理收费。
其他相关规定：除了上述办法外，还有一系列关于律师服务收费的规范性文件，也均对风险代理的适用范围进行了限制，明确排除了刑事案件。
四、申请退回扣押款项的性质
申请退回公安机关扣押的款项，虽然涉及财产权益，但这一行为本身并不构成刑事案件的代理内容。它更多地是在刑事案件终结后，对涉案财物处理的一种后续行为。这种行为并不属于刑事诉讼的范畴，因此也不适用刑事诉讼中的代理规定。然而，即便如此，由于风险代理在刑事案件中的不被鼓励性，以及申请退回扣押款项与刑事案件本身的紧密关联性，律师在代理此类行为时，也通常不会采用风险代理的方式。
五、实际操作中的考虑
在实际操作中，如果律师代理申请退回公安机关扣押的款项，一般会采用计时收费或计件收费的方式。这种方式更加透明、公正，也符合律师服务收费的常规做法。同时，由于申请退回扣押款项的行为并不涉及复杂的法律争议和诉讼程序，因此采用计时收费或计件收费的方式也更加合理和可行。
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