农民想要将农用耕地合法地给两个儿子中的一个，这主要涉及到农村土地承包经营权的流转问题。以下是一个清晰、详细且具有深度的解答流程：
一、了解相关法律法规
首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，承包期内，发包方不得随意调整承包地。这是为了保持土地承包关系的稳定，避免频繁变动带来的问题。因此，直接将耕地从父亲名下转移到儿子名下，并不是一个简单的“过户”过程，而是需要通过合法的流转方式来实现。
二、考虑流转方式
继承方式（若符合条件）：
- 如果父亲去世，且耕地承包合同中有相关继承条款，或者当地政策允许继承，那么儿子可以依法继承耕地的承包经营权。但这种情况通常适用于父亲去世后的继承，且需要满足一定的条件。
流转方式：
- 转包：父亲可以将耕地的承包经营权转包给其中一个儿子，双方签订转包合同，并报发包方（通常是村集体经济组织或村民委员会）备案。转包期限不得超过承包期的剩余期限。
- 出租：与转包类似，父亲也可以将耕地出租给儿子，双方签订租赁合同，并报发包方备案。租赁期限同样不得超过承包期的剩余期限。
- 互换：如果父亲与另一个农户（比如儿子的配偶的父母）有互换耕地的意愿，且双方都同意，可以签订互换合同，并报发包方备案。但这种情况通常不涉及直接给儿子，而是作为家庭间的土地调整。
- 转让：在特定情况下，如父亲因年老体弱无法继续耕作，且儿子符合承包条件（如具有本集体经济组织成员资格），父亲可以将耕地的承包经营权转让给儿子。转让需要经发包方同意，并签订转让合同。
三、具体操作步骤
协商确定：
- 父亲与儿子之间应首先进行协商，确定流转方式、流转期限、流转费用（如有）等关键条款。
签订合同：
- 根据协商结果，双方签订书面流转合同。合同应明确双方的权利义务、流转期限、流转费用及支付方式、违约责任等内容。
报发包方备案：
- 合同签订后，应报发包方（村集体经济组织或村民委员会）备案。发包方有权对流转合同进行审查，确保其符合法律法规和当地政策。
办理相关手续：
- 根据当地政策要求，可能还需要办理其他相关手续，如土地流转登记、变更承包合同等。
四、注意事项
遵守法律法规：
- 在流转过程中，必须严格遵守《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规和当地政策规定。
保护耕地资源：
- 流转耕地应主要用于农业生产，不得改变耕地的农业用途。
维护农民权益：
- 在流转过程中，应充分尊重农民的意愿和权益，不得强迫或欺诈农民进行流转。
及时咨询当地部门：
- 由于不同地区的政策可能有所不同，建议在流转前及时咨询当地农业农村部门或法律专业人士，以确保流转的合法性和有效性。