结论：做司法鉴定并不一定要原被告协商一致，具体情形需根据诉讼类型及鉴定性质来判断。以下从民事诉讼和刑事诉讼两个角度进行详细分析：
民事诉讼中的司法鉴定
协商委托与法院指定：
- 在民事诉讼中，双方当事人可以协商共同委托鉴定机构进行司法鉴定。这种方式有助于增强鉴定的公正性和透明度，减少后续争议。
- 若双方无法达成一致，或一方拒绝协商，法院有权根据案件需要指定鉴定机构进行鉴定。法院指定的鉴定机构通常具有权威性和专业性，其鉴定结果对双方当事人均具有约束力。
被告不参与的影响：
- 被告不参与原告申请的司法鉴定并不影响鉴定程序的正常进行。然而，被告将失去对鉴定过程、方法、依据等提出质疑的机会，这可能导致在法庭上难以有效反驳鉴定意见，从而影响其辩护效果。
- 若鉴定意见对被告不利，且被告没有充分理由和证据进行反驳，法院很可能会依据该鉴定意见作出对被告不利的判决。
后续异议与重新鉴定：
- 尽管被告未参与鉴定过程，但他仍有权在后续庭审中对鉴定结果提出异议，并申请重新鉴定。但申请重新鉴定需要提供充分的理由和证据来支持其异议，否则法院可能不予准许。
刑事诉讼中的司法鉴定
强制性鉴定与配合义务：
- 在刑事诉讼中，对于某些强制性的司法鉴定（如精神病鉴定、DNA鉴定等），犯罪嫌疑人通常需要配合。这些鉴定对于查明案情、确定犯罪嫌疑人是否具有刑事责任能力等至关重要。
- 若犯罪嫌疑人拒绝配合，司法机关有权采取相应的强制手段以确保鉴定的进行，如强制带往鉴定机构、使用约束性警械等。
鉴定结果的法律效力：
- 刑事诉讼中的司法鉴定结果通常作为法院审判的重要依据。无论犯罪嫌疑人是否配合鉴定，鉴定结果一旦被法院采纳，将对其产生法律约束力。
法律建议
民事诉讼中的建议：
- 在民事诉讼中，若双方对司法鉴定有争议，建议尽量通过协商选择鉴定机构，以增强鉴定的公正性和透明度。
- 若协商不成，可请求法院指定鉴定机构，并积极参与鉴定过程，提出自己的意见和质疑。
- 对鉴定结果有异议时，应及时在法庭上提出，并准备充分的证据和理由支持自己的异议。
刑事诉讼中的建议：
- 在刑事诉讼中，若面临强制性的司法鉴定，犯罪嫌疑人应积极配合，以免因拒绝配合而面临更严重的法律后果。
- 若对鉴定结果有异议，可在法庭上提出，并请求法院重新鉴定或补充鉴定。但需注意，重新鉴定或补充鉴定需符合法定条件，并提供充分的理由和证据。
总结：做司法鉴定并不一定要原被告协商一致，具体情形需根据诉讼类型及鉴定性质来判断。在民事诉讼中，双方可协商选择鉴定机构或由法院指定；在刑事诉讼中，对于强制性的司法鉴定，犯罪嫌疑人需配合。无论在哪种情况下，当事人都应充分了解自己的权利和义务，以做出最明智的选择。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。