结论：在骑电动车闯红灯被撞成植物人，对方驾驶员被认定次责的情况下，对方驾驶员是否会有刑事责任，需根据具体情况判断，若驾驶员不存在严重违反交通运输管理法规的行为，则一般不构成交通肇事罪，无需承担刑事责任；若驾驶员存在严重违规行为，则可能构成交通肇事罪，需承担刑事责任。以下是对此问题的详细分析：

一、责任认定的基本原则

根据《道路交通事故处理程序规定》及相关交通法规，交警部门会综合考虑当事人的行为对事故发生所起的作用以及过错的严重程度来确定责任。在此类事故中，电瓶车闯红灯明显违反了交通信号灯规则，属于严重的交通违法行为，因此电瓶车驾驶人通常会被认定存在较大过错。然而，机动车一方也并非必然无责，其在行驶过程中同样负有观察路况、确保安全驾驶的义务。

二、对方驾驶员次责的可能情形与刑事责任分析

1. 一般违规行为

   • 情形说明：如果对方驾驶员在行驶过程中存在一般违规行为，如车速稍快、未充分观察路况等，但并未达到严重违反交通运输管理法规的程度，且电瓶车闯红灯是事故发生的主要原因，那么对方驾驶员可能被认定承担次要责任。
   • 刑事责任：在此情况下，对方驾驶员的行为通常不构成交通肇事罪，无需承担刑事责任。但需根据责任比例承担相应的民事赔偿责任。

2. 严重违规行为

   • 情形说明：如果对方驾驶员存在严重违反交通运输管理法规的行为，如酒驾、严重超速、驾驶报废车辆等，且这些行为对事故发生起到了重要作用，即使电瓶车闯红灯，对方驾驶员也可能因严重违规行为而被认定承担较重的责任，甚至可能被认定为主要责任或全部责任（但根据问题描述，此处为次责，故主要讨论次责下仍可能构成犯罪的特殊情况）。不过，在次责的认定下，若驾驶员的严重违规行为与事故后果之间存在直接因果关系，且该后果达到了交通肇事罪的立案标准（如致人重伤、死亡或使公私财产遭受重大损失），则驾驶员仍可能构成交通肇事罪。
   • 刑事责任：根据《刑法》第一百三十三条，违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役。因此，如果对方驾驶员的严重违规行为导致电瓶车驾驶人成为植物人，且该后果被认定为重大事故，那么对方驾驶员可能构成交通肇事罪，需承担刑事责任。

三、刑事责任的认定程序

刑事责任的认定需由公安机关依法调查取证，收集相关证据，如现场勘查记录、证人证言、监控视频等，以证明驾驶员是否存在严重违反交通运输管理法规的行为，以及该行为与事故后果之间的因果关系。然后，公安机关会将案件移送检察机关审查起诉，检察机关认为符合起诉条件的，会向法院提起公诉。最后，法院会依法审理案件，并根据事实和法律作出判决。

四、建议与总结

1. 对于电瓶车驾驶人：应严格遵守交通规则，不闯红灯、不逆行、不超速等，以减少事故发生的可能性。
2. 对于机动车驾驶人：在行驶过程中应充分观察路况、确保安全驾驶，避免存在严重违规行为。如果发生事故，应积极配合交警部门的调查处理，并咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。
3. 对于此类事故的处理：双方当事人在处理时应保持冷静理性，积极协商赔偿事宜。如果无法协商一致，可以通过法律途径解决纠纷。

总之，在骑电动车闯红灯被撞成植物人，对方驾驶员被认定次责的情况下，对方驾驶员是否会有刑事责任需根据具体情况判断。如果驾驶员不存在严重违反交通运输管理法规的行为，则一般不构成交通肇事罪；如果存在严重违规行为且该行为与事故后果之间存在直接因果关系，则可能构成交通肇事罪。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。