结论前置：迟到一次公司扣一天工资是否合法，需结合公司规章制度、扣薪标准的合理性以及是否存在特殊情况来综合判断。在大多数情况下，这种做法是不合理且可能违法的。
一、公司规章制度的合法性
规章制度需合法有效：
- 公司必须有明确、合理且合法的规章制度，该制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 规章制度还需进行公示或告知劳动者，确保员工知晓并同意。若规章制度未经法定程序制定或未向员工公示，则对劳动者不具有法律约束力。
规章制度内容需合法：
- 规章制度中关于迟到的扣薪规定，不能违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准等。若规章制度内容违法，如扣薪标准过高，损害劳动者基本权益，则该规章制度无效。
二、扣薪标准的合理性
扣罚金额需合理：
- 扣罚的金额不能过高，应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 迟到一次扣一天工资，显然超出了合理惩处范围，可能构成对劳动者工资的克扣。
扣罚需与损失相当：
- 即便员工迟到给公司造成了一定损失，扣罚的金额也应与损失相当。若公司无法证明迟到行为给其造成了与扣罚金额相当的损失，则扣罚行为可能不合法。
三、特殊情况的处理
存在合理免责事由：
- 若员工因不可抗力（如自然灾害、交通堵塞等）或其他合理原因导致迟到，公司仍扣工资则属于不合法行为。此时，公司应考虑员工的实际情况，给予合理的理解和宽容。
员工已尽力避免迟到：
- 若员工已采取合理措施避免迟到，如提前出发、选择更快捷的交通方式等，但仍因不可抗力或意外情况导致迟到，公司也应考虑员工的努力，避免过度处罚。
四、劳动者权益保护
与公司协商：
- 若劳动者认为公司扣工资行为不合理，首先应与公司进行沟通协商，要求其纠正错误做法。在协商过程中，劳动者可以引用相关法律法规，说明公司扣工资行为的违法性。
向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁：
- 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门或劳动仲裁机构将依法对公司的扣工资行为进行审查，并作出公正裁决。
五、建议与操作指南
对于公司：
- 应依法建立和完善规章制度，确保内容合法、合理且经过民主程序制定。
- 在处理员工迟到等问题时，应遵循合法、合理、公平的原则，避免过度处罚。
- 建议设定合理的迟到扣罚措施，如迟到一次扣除一定金额，并确保该金额与迟到造成的影响相对合理匹配。
对于劳动者：
- 应了解自己的权益和义务，对公司的不合理规定有权提出异议并要求纠正。
- 如遇到权益受损的情况，应先与公司沟通协商；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁乃至提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，迟到一次公司扣一天工资的做法在大多数情况下是不合理且可能违法的。公司和劳动者都应充分了解相关法律法规，确保在处理此类问题时能够依法行事，保护双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。