在处理关于“六天八小时劳动合同在仲裁时如何认定加班费”的问题时，我们首先要明确的是，这涉及到对《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》相关规定的理解和应用。以下是对此问题的详细解答：

一、法律规定与工时制度

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时（通常实践中按40小时计算）的工时制度。同时，第三十八条规定，用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。这意味着，在标准工时制下，劳动者每周工作五天，每天八小时是合法的，超出这个时间的工作则可能构成加班。

二、加班费的支付标准

《中华人民共和国劳动法》第四十四条明确了加班费的支付标准：

1. 延长工作时间的（即平时加班），支付不低于工资的150%的工资报酬；
2. 休息日安排工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；
3. 法定休假日安排工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。

三、六天八小时工作制下的加班费计算

在六天八小时的工作制下，如果每周工作六天，每天八小时，那么超出法定每周40小时的工作时间（即8小时）应视为休息日加班。因此，这8小时的加班费应按照不低于工资的200%来计算。

具体计算步骤：

1. 确定基本工资：以劳动合同中约定的工资为准。
2. 计算日工资：日工资 = 月工资 ÷ 21.75（这是国家规定的月计薪天数）。
3. 计算加班费：休息日加班一天的加班费 = 日工资 × 200%。如果加班8小时，且这8小时全部为休息日加班，则加班费即为上述计算的一天加班费（因为已经按全天计算了）。如果加班时间分散在多个休息日，则需按实际加班天数和小时数分别计算。

四、申请劳动仲裁时的注意事项

1. 证据收集：

   • 考勤记录：包括电子考勤打卡记录、纸质签到表等，以证明实际工作时间。
   • 工作记录：如工作任务安排、工作成果报告、沟通记录等，以证明加班工作的内容。
   • 工资条或银行工资发放记录：以证明基本工资和已发放的工资情况。
   • 证人证言：如有同事能证明加班事实，其证言也可作为证据。

2. 仲裁时效：

   • 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。但劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，不受一年时效限制，劳动关系终止后需在一年内提出。

3. 仲裁请求的明确性：

   • 在劳动仲裁申请书中，应明确要求用人单位支付六天八小时工作制下的加班工资，并具体说明计算依据和金额。同时，可根据实际情况要求经济补偿或赔偿金。

五、特殊情况的处理

• 如果劳动合同中明确约定了六天工作制，并且应发工资中已经包含了加班费，那么该约定在合法范围内是有效的。但如果核算后发现加班费低于最低工资标准或约定的加班费计算标准不合法，劳动者仍有权要求补足差额。
• 如果用人单位有加班审批制度，并且劳动者无法提供加班证据或未经审批擅自加班，其加班费的诉求可能无法得到支持。

综上所述，六天八小时劳动合同在仲裁时认定加班费，需严格遵循法律法规，并结合具体情况进行合理计算。劳动者在申请劳动仲裁时，应充分准备证据材料，明确仲裁请求，并在法律规定的时效期内提出，以确保自身权益得到有效维护。