关于“工厂食堂吃饭打卡饭费三次是否违法”的问题，需要分情况讨论，不能一概而论。
如果工厂食堂打卡扣费是员工自愿选择，且费用合理、透明：
- 在这种情况下，工厂食堂提供餐饮服务，员工通过打卡方式支付饭费，这本质上是一种消费行为。只要饭费标准合理，且工厂没有强制员工必须在此就餐或打卡扣费，那么这种行为并不违法。员工有权选择是否在食堂就餐，也有权了解并同意饭费的扣费标准。
如果工厂食堂打卡扣费存在强制性质，或者费用不合理、不透明：
- 强制就餐与扣费：如果工厂规定员工必须在食堂就餐，并通过打卡方式强制扣费，这可能侵犯了员工的自主选择权。根据《劳动法》的相关规定，员工有权选择自己的就餐方式和地点，工厂不得强制。
- 费用不合理或不透明：如果饭费标准过高，或者工厂没有明确告知员工饭费的计算方式和标准，导致员工对扣费存在疑虑或不满，这也可能构成违法行为。工厂应当确保饭费标准的合理性和透明度，以维护员工的合法权益。
如果工厂食堂打卡扣费与工资发放、福利待遇等挂钩，且存在不公平或歧视性条款：
- 如果工厂将食堂打卡扣费与员工的工资发放、福利待遇等直接挂钩，例如规定不打卡就餐将扣除工资或影响晋升等，这可能构成对员工的不公平对待或歧视。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，工厂应当确保员工的工资和福利待遇不受不公平或歧视性条款的影响。
法律建议：
- 对于员工而言，如果认为工厂食堂打卡扣费存在违法行为，可以先与工厂进行沟通协商，要求工厂提供合理的饭费标准和透明的扣费方式。如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 对于工厂而言，应当确保食堂打卡扣费行为的合法性和合理性，尊重员工的自主选择权，提供透明的饭费标准和扣费方式，以维护良好的劳动关系和工厂形象。
可能后果：
- 如果工厂食堂打卡扣费行为被认定为违法，工厂可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿员工损失、接受行政处罚等。同时，这种违法行为也可能对工厂的声誉和员工关系造成负面影响。
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