将纸质盖章文件扫描成电子版，这一行为本身在法律上是合法的，其安全性则取决于后续的使用和保管方式。以下从合法性和安全性两个角度进行详细分析：
合法性
扫描行为本身：
- 扫描纸质盖章文件成电子版，本质上是一种复制或数字化处理行为。只要该文件本身是合法获取的，且扫描行为不侵犯原文件的著作权或其他合法权益（如涉及他人肖像、隐私等），则扫描行为本身是合法的。
电子版的法律效力：
- 根据《中华人民共和国电子签名法》等相关法律法规，电子文件（包括扫描件）在符合一定条件时，可以具有与纸质文件同等的法律效力。这些条件通常包括：电子文件内容完整、未被篡改，能够识别签名人身份并表明签名人认可其中内容，以及有可靠的电子签名等。
- 在实际应用中，如果扫描的纸质盖章文件是合同、协议等法律文件，且双方均认可电子版的效力，那么该电子版文件在法律上是可以被接受的。但为了确保其法律效力，最好在扫描后采取一些技术手段（如加盖电子印章、使用数字签名等）来增强其可信度和安全性。
安全性
文件保管安全：
- 扫描后的电子版文件应妥善保管，防止被未经授权的人员访问、篡改或泄露。这可以通过设置访问权限、加密存储、定期备份等措施来实现。
- 如果电子版文件涉及敏感信息（如个人隐私、商业秘密等），则应采取更加严格的安全措施来保护其安全。
使用安全：
- 在使用电子版文件时，应确保其来源可靠、内容完整且未被篡改。如果需要对电子版文件进行修改或补充，应在确保修改或补充内容合法且得到相关方认可的前提下进行。
- 避免将电子版文件随意发送给未经授权的人员或上传到不安全的网络平台，以防止信息泄露或被恶意利用。
法律风险防范：
- 在使用电子版文件时，应遵守相关法律法规和规章制度，确保其行为合法合规。例如，在签订电子合同时，应确保合同内容合法、双方意思表示真实且符合电子合同的相关要求。
- 如果因使用电子版文件而引发法律纠纷或争议，应及时咨询专业律师并采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。
总结与建议：
将纸质盖章文件扫描成电子版是合法的，但为了确保其安全性和法律效力，建议采取以下措施：
- 在扫描后采取技术手段增强电子版文件的可信度和安全性（如加盖电子印章、使用数字签名等）。
- 妥善保管电子版文件，防止被未经授权的人员访问、篡改或泄露。
- 在使用电子版文件时遵守相关法律法规和规章制度，确保其行为合法合规。
- 如遇法律问题或争议，及时咨询专业律师并采取相应的法律措施。
如果您在扫描纸质盖章文件成电子版的过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。