农民工在遭遇老板克扣工资时，可以通过以下多种合法途径来讨要薪资，确保自身权益得到保障：

1. 协商解决

   • 收集证据：首先，要整理好劳动合同、考勤记录、工资条等能证明劳动关系和工资标准的材料。这些证据是后续维权的基础，务必妥善保存。
   • 主动沟通：向老板明确表达工资被克扣的诉求，要求合理解释并补发差额。在沟通过程中，保持冷静理性，避免过激行为。
   • 书面协议：若双方达成和解，需签订书面协议确认补发工资的金额和时间节点。这样，一旦老板反悔，你可以凭借书面协议进行维权。

2. 寻求第三方调解

   • 申请劳动仲裁调解：如果与老板协商无果，你可以向当地劳动争议仲裁委员会提交调解申请。仲裁委员会将组织双方进行调解，促成双方达成共识。
   • 工会介入调解：若单位有工会组织，你可以向工会反映情况，请求其出面协商。工会将代表职工维护合法权益，为你争取应得的工资。
   • 行业调解机构：部分行业设有专门调解组织，你也可以联系这些组织参与协调，以更专业的方式解决纠纷。

3. 申请劳动仲裁

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第七十九条，劳动争议可先申请仲裁。这是解决劳动纠纷的重要途径之一。
   • 操作流程：
     1. 准备材料：携带身份证、劳动合同、工资支付凭证等证据。
     2. 提交申请：向用人单位所在地或劳动合同履行地的劳动仲裁委员会递交申请书。
     3. 参与仲裁：配合调查取证，陈述事实主张权利。仲裁委员会将根据事实和法律规定作出裁决。
   • 时效提示：需在知道权益受损之日起一年内提出仲裁申请，逾期将可能丧失维权机会。

4. 提起诉讼

   • 前提条件：如果对劳动仲裁结果不满意，或老板拒不执行仲裁裁决，你可以向法院提起诉讼。
   • 诉讼流程：
     1. 起诉准备：整理仲裁文书、新证据等材料。
     2. 法院立案：向有管辖权的基层人民法院提交起诉状。
     3. 庭审维权：通过法庭辩论维护合法权益。法院将根据事实和法律规定作出判决。
   • 特别说明：劳动纠纷实行“一裁两审制”，即仲裁前置后仍需经过一审、二审程序。因此，提起诉讼需要做好充分的准备和耐心。

5. 向相关部门投诉举报

   • 投诉渠道：
     1. 劳动保障监察部门：拨打12333热线或前往当地劳动监察大队举报。相关部门将依法调查核实，责令限期支付工资。
     2. 建设领域专项举报：针对建筑行业欠薪问题，可向住房城乡建设部门反映。
     3. 刑事控告：对恶意欠薪涉嫌犯罪的，可向公安机关报案。
   • 处理机制：相关部门将依法处理投诉举报，维护你的合法权益。如果老板逾期未付工资，你还可以申请强制执行。

6. 利用法律援助和社会救助

   • 法律咨询：通过工会、法律援助中心获取专业法律建议。这些机构将为你提供免费的法律咨询和援助服务。
   • 司法救助：经济困难者可申请缓交/减免诉讼费。这将减轻你的经济负担，让你更顺利地维护自己的权益。
   • 社会帮扶：借助媒体曝光、公益组织援助等方式扩大维权声量。这将引起社会关注和舆论压力，促使老板尽快支付工资。

重要提示：

• 在整个讨薪过程中，务必保持冷静理性，避免过激行为。过激行为可能不仅无法解决问题，还可能让你陷入更不利的境地。
• 签订正式劳动合同并保存好工作证据和工资记录是维权的关键。这些证据将为你后续的维权提供有力支持。
• 学会运用法律武器保护自己，及时咨询专业人士或机构以获取帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动法》第七十九条
• 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条、第六条、第九条

希望这些建议能对你有所帮助，让你顺利讨回被克扣的工资。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。