结论概述：逾期钱被划扣后不能直接抵本金的情况，通常与贷款合同中的还款顺序条款、相关法律法规的规定以及金融机构的操作规范有关。以下从多个角度进行详细分析。
贷款合同中的还款顺序条款：
- 在许多贷款合同中，会明确约定还款的顺序。通常，当借款人逾期还款时，金融机构会按照合同约定的顺序来划扣款项。这个顺序可能包括先支付逾期利息、罚息、违约金等费用，之后才是本金。因此，如果合同中有这样的约定，那么逾期被划扣的钱可能首先用于支付这些额外费用，而不是直接抵减本金。
- 法律建议：借款人应仔细阅读贷款合同，特别是关于还款顺序的条款，以了解逾期还款时款项的具体划扣方式。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，借款合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。如果合同中明确规定了还款顺序，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么金融机构按照合同约定划扣款项是合法的。
- 特殊情况：在某些特定情况下，如金融机构存在违规操作或合同条款存在不公平、不合理之处，借款人可能有权要求调整还款顺序或寻求法律救济。但这种情况需要具体分析，并可能需要通过法律途径来解决。
金融机构的操作规范：
- 金融机构在处理逾期贷款时，通常会遵循一定的操作规范。这些规范可能包括内部的风险控制政策、资金划扣流程等。在某些情况下，金融机构可能为了降低风险或确保资金安全，会优先划扣逾期款项中的利息、罚息等费用。
- 借款人权益：虽然金融机构有其操作规范，但借款人也享有相应的权益。如果借款人认为金融机构的操作违反了合同约定或法律法规，可以通过合法途径进行维权。
实际操作中的注意事项：
- 对于借款人来说，了解贷款合同中的还款顺序条款至关重要。这有助于借款人在逾期还款时，对款项的划扣有合理的预期。
- 如果借款人希望逾期被划扣的钱能够直接抵减本金，可以在与金融机构协商时提出这一要求。但需要注意的是，这取决于金融机构的同意以及合同条款的约定。
- 在任何情况下，借款人都应保持与金融机构的沟通，及时了解逾期还款的处理情况，并寻求合理的解决方案。
进一步思考：如果借款人发现金融机构在划扣逾期款项时存在不当行为或违反合同约定的情况，应及时收集证据并寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况为借款人提供法律咨询和维权服务。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。