关于旷工时工资如何扣除的问题，这确实是一个涉及公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规的复杂议题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 大多数公司都会制定员工手册或考勤管理制度，其中会明确规定旷工的定义、处理方式以及工资扣除的具体标准。
- 作为员工，您应仔细阅读并了解这些规定，以便在发生旷工时能够明确自己的权利和义务。
劳动合同：
- 劳动合同是您与公司之间的法律协议，其中可能包含关于旷工和工资扣除的特别约定。
- 如果劳动合同中有明确规定，公司应按照合同约定执行工资扣除。
二、旷工扣工资的一般原则
按日工资扣除：
- 一种常见的做法是按照旷工的天数来扣除相应的日工资。日工资的计算方法通常是月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）。
- 例如，如果您的月工资为5000元，旷工一天，则扣除的工资约为230元（5000元 ÷ 21.75天）。
扣除全勤奖或其他奖金：
- 除了扣除日工资外，公司还可能根据规章制度扣除您的全勤奖、绩效奖金等其他形式的报酬。
扣除比例的限制：
- 根据《工资支付暂行规定》，因您本人原因给公司造成经济损失的，公司可按照劳动合同的约定要求您赔偿经济损失，并从您的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过您当月工资的20%。
不得低于最低工资标准：
- 在扣除旷工工资后，公司应确保您实际获得的工资不低于当地最低工资标准，以保障您的基本生活。
三、特殊情况下的处理
连续旷工多日或累计旷工达到一定天数：
- 如果您连续旷工多日或累计旷工达到公司规章制度中规定的天数，公司可能会采取更严厉的措施，如解除劳动合同。在这种情况下，公司通常会提前通知您，并按照法律规定支付经济补偿金（如果适用）。
因不可抗力或紧急情况导致的旷工：
- 如果您因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）或紧急情况无法按时出勤，并及时向公司说明情况并提供相关证明，公司通常不会视为旷工，也不会扣除工资。
四、建议与注意事项
了解公司规章制度：
- 在入职时或发生旷工前，务必了解公司的规章制度和劳动合同中关于旷工和工资扣除的约定。
保留相关证据：
- 如果您因不可抗力或紧急情况导致旷工，务必保留相关证据以便向公司说明情况。
沟通确认：
- 在公司扣除工资前，建议您与公司进行沟通确认，了解扣除的具体原因和金额，确保扣除的合理性和合法性。
寻求法律援助：
- 如果您认为公司扣除旷工工资的行为不合理或不合法，可以首先与公司协商解决。协商不成时，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，旷工时工资的扣除涉及多个方面的因素。作为员工，您应了解公司的规章制度和劳动合同中的相关约定，并在发生旷工时与公司进行沟通确认。同时，公司也应遵守相关法律法规，确保工资扣除的合理性和合法性。