针对您提出的“军人出轨小三怀孕会怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，在军婚关系中，出轨并导致第三方怀孕的行为，主要涉及的是对军婚的破坏以及相应的法律责任，而这一责任通常更多地指向与军人配偶同居或结婚的第三方，而非军人本身（除非军人也直接参与了破坏军婚的行为，但这种情况较为特殊且复杂）。不过，为了全面解答您的问题，我会从军婚保护的法律框架、破坏军婚的法律责任，以及军人可能面临的内部纪律处分三个方面进行阐述。
一、军婚保护的法律框架
军婚，即现役军人的婚姻关系，受到我国法律的特殊保护。这是因为军人职业的特殊性，他们常年远离家庭，为国家的安全和发展付出巨大牺牲。因此，对军婚给予特殊保护，不仅是对军人个人情感的尊重，更是对军人职业尊严的维护，也是提升军队战斗力、维护国家安全的重要保障。
二、破坏军婚的法律责任
根据《中华人民共和国刑法》第二百五十九条第一款的规定：“明知是现役军人的配偶而与之同居或者结婚的，处三年以下有期徒刑或者拘役。”这意味着，如果第三方明知对方是现役军人的配偶，仍然与其同居或结婚，甚至导致怀孕，那么该第三方将构成破坏军婚罪，并面临法律的制裁。
在您提到的情境中，如果“小三”明知对方是军人配偶而与其同居并怀孕，那么“小三”将可能因破坏军婚罪被追究刑事责任。而军人本身，如果并未直接参与破坏军婚的行为（如并未与“小三”结婚或同居），则通常不会因此直接承担刑事责任。但需要注意的是，如果军人存在出轨等不道德行为，可能会对其个人声誉、职业生涯以及家庭关系产生严重影响。
三、军人可能面临的内部纪律处分
虽然军人出轨并导致第三方怀孕的行为，在民事法律上可能不直接构成犯罪（除非军人也直接参与了破坏军婚的行为），但在军队内部，这种行为可能违反军队的纪律规定。军队对军人的道德品质和行为规范有着严格的要求，出轨等不道德行为可能损害军队的形象和战斗力，因此军人可能因此面临警告、记过、降职、撤职等内部纪律处分。
总结与建议
法律层面：如果“小三”明知对方是军人配偶而与其同居并怀孕，将可能构成破坏军婚罪，面临法律的制裁。
军队内部纪律：军人出轨等不道德行为可能违反军队纪律，面临内部纪律处分。
建议：对于军人而言，应严格遵守军队的纪律规定和道德规范，维护军婚的严肃性和稳定性。对于遇到类似问题的军人配偶，应及时向军队相关部门或法律机构寻求帮助，维护自己的合法权益。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告知。