非法改装且超时速的摩托车，主要由公安机关交通管理部门负责处理。以下是从不同角度的详细分析：
一、管理部门及职责
公安机关交通管理部门：
- 路面执法：交警在日常巡逻和检查中，会重点关注摩托车等机动车的非法改装情况，特别是那些改变车身颜色、更换发动机、车身或车架等未在规定时限内办理变更登记，以及超时速行驶的摩托车。
- 处罚措施：一旦发现非法改装且超时速的摩托车上路行驶，交警有权依法扣留车辆，责令恢复原状，并根据情节轻重处以罚款。对于超时速行驶的行为，还会依据相关法律法规进行额外的处罚。
其他相关部门（虽不直接处理上路行为，但参与管理）：
- 交通运输管理部门：主要监管从事道路运输经营的车辆，若摩托车用于营运且存在非法改装行为，该部门有权进行处罚。不过，对于普通非营运摩托车，其直接管理作用相对有限。
- 市场监督管理部门：负责监管生产、销售非法改装摩托车及相关零部件的行为。如果发现有企业或商家生产、销售未经许可或不符合国家标准的摩托车改装部件，该部门会依法查处。
- 车管所：负责摩托车的登记工作，包括变更登记等。如果摩托车需要改变使用性质、车身颜色、车身或车架等，车主应向车管所申请变更登记。车管所会与公安机关交通管理部门共同管理非法改装摩托车，确保车辆符合国家标准和规定。
二、法律依据
- 《中华人民共和国道路交通安全法》：该法第十六条第一项明确规定，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。这为公安机关交通管理部门查处非法改装摩托车提供了法律依据。
- 《机动车登记规定》：该规定第十条指出，已注册登记的机动车需要改变使用性质、车身颜色、车身或车架等时，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请变更登记。这进一步规范了摩托车的变更登记流程，也间接支持了非法改装摩托车的查处工作。
三、非法改装及超时速行驶的法律后果
- 非法改装：对于非法改装摩托车的行为，公安机关交通管理部门将依法进行处罚，包括警告、罚款等措施，并要求车主恢复原状。情节严重的，还可能面临更严厉的处罚，如暂扣或吊销驾驶证、拘留等。
- 超时速行驶：超时速行驶是严重的交通违法行为，不仅危及自身安全，也威胁到其他道路使用者的安全。对于超时速行驶的摩托车，交警会依据相关法律法规进行处罚，包括罚款、扣分、吊销驾驶证等措施。
四、建议与提醒
- 遵守法律法规：作为摩托车车主或驾驶人，应严格遵守相关法律法规，不得擅自改装摩托车或超时速行驶。
- 及时办理变更登记：如果需要对摩托车进行合法改装（如更换符合规定的轮胎、刹车系统等），应及时向车管所申请变更登记，确保车辆合法上路。
- 增强安全意识：超时速行驶是极其危险的行为，应时刻牢记安全第一的原则，遵守交通规则，确保自身和他人的安全。
如果您发现身边有非法改装且超时速的摩托车，可以向公安机关交通管理部门进行举报。举报途径多样，包括电话举报（拨打110或122）、直接向交警举报等。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。