合作协议中的软件著作权，并不需要在知识产权局进行备案。以下从多个角度为你详细解释：

1. 软件著作权登记与备案的区别：

   • 软件著作权登记：这是确认软件著作权的归属、保护软件著作权人的权益、便于著作权人行使权利的一种法律行为。登记后，软件著作权人将获得《软件著作权登记证书》，这是其享有软件著作权的法律凭证。
   • 备案：通常指的是将某些信息或文件提交给相关部门进行存档或记录，以便后续查询或管理。在知识产权领域，备案并不是软件著作权保护的必要环节。

2. 合作协议与软件著作权的关系：

   • 合作协议是双方或多方就某一事项或项目达成的共同意愿和约定。在合作协议中，可能会涉及软件著作权的归属、使用、许可、转让等条款。
   • 这些条款是合作双方之间的约定，它们本身并不需要经过知识产权局的备案才能生效。合作协议的效力主要取决于其是否符合法律法规的规定，以及双方是否真实、自愿地达成了协议。

3. 软件著作权备案的实际情况：

   • 在实际操作中，软件著作权登记后，相关信息（如软件名称、著作权人、登记号等）会被录入到国家版权局的数据库中，供公众查询。但这并不等同于“备案”，而是登记后的信息公示。
   • 对于合作协议中的软件著作权条款，如果双方希望增加一份官方记录或证明，可以考虑将合作协议作为附件或相关材料，在软件著作权登记时一并提交给国家版权局。但这并不是必须的，也不是备案的常规做法。

4. 法律建议：

   • 如果你作为合作协议的一方，担心软件著作权的归属或使用问题，建议在合作协议中明确约定相关条款，并考虑进行软件著作权登记，以获得法律上的保护。
   • 如果合作协议中涉及软件著作权的许可或转让，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。

总结来说，合作协议中的软件著作权并不需要在知识产权局进行备案。但为了确保软件著作权的合法性和有效性，建议进行软件著作权登记，并在合作协议中明确约定相关条款。如果你有任何关于软件著作权或合作协议的法律问题，可以直接向我咨询。